【摘 要】
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快速碱化因子(rapid alkalinization factors,RALFs)是一种植物多肽类激素,参与胞内MAPK信号传递、细胞伸长调控、花器官发育及免疫应答等植物重要生理过程.本研究利用生物信息学方法对橡胶树RALF基因家族进行全基因组鉴定,对其序列特性、基因结构、保守基序、系统进化及表达特性进行系统研究.通过同源比对在橡胶树基因组中共鉴定到16个RALF基因,分别命名为HbRALF1～HbRALF16.序列分析结果表明,这些基因编码氨基酸数目介于108～149 aa之间,分子量和等电点分别介于
【机 构】
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中国热带农业科学院橡胶研究所,农业农村部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室,农业农村部儋州热带作物科学观测实验站,省部共建国家重点实验室培育基地-海南省热带作物栽培生理学重点实验室,海口,57110
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快速碱化因子(rapid alkalinization factors,RALFs)是一种植物多肽类激素,参与胞内MAPK信号传递、细胞伸长调控、花器官发育及免疫应答等植物重要生理过程.本研究利用生物信息学方法对橡胶树RALF基因家族进行全基因组鉴定,对其序列特性、基因结构、保守基序、系统进化及表达特性进行系统研究.通过同源比对在橡胶树基因组中共鉴定到16个RALF基因,分别命名为HbRALF1～HbRALF16.序列分析结果表明,这些基因编码氨基酸数目介于108～149 aa之间,分子量和等电点分别介于11.92～16.88 kD和5.41～9.33.多序列比对结果表明,HbRALFs含有S1P蛋白酶识别位点、受体蛋白识别位点YISY保守序列和四个保守半胱氨酸.基于转录组数据的组织和乙烯刺激表达特性分析显示,16个橡胶树RALF基因至少在一个组织中表达,8个胶乳中高表达的RALF还参与乙烯刺激响应.本研究为进一步研究RALF基因家族在橡胶树关键农艺性状调控中的作用提供参考依据.
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为揭示茶树被茶饼病危害诱导的防御反应机制,本研究选择抗病和感病茶树品种为材料,通过转录组测序和数字表达谱分析茶树叶片被茶饼病危害前后的基因表达差异.结果 显示,共筛选出差异表达基因974条,其中共有的为122条,抗病品种中特异364条,感病品种中特异的为488条.对差异表达基因进行分析发现,茶饼病危害主要影响了茶树体内代谢途径、内质网蛋白质加工、次生代谢产物的生物合成、植物病原相互作用、植物激素信号转导途径、淀粉与蔗糖的代谢、苯丙醇生物合成等通路中关键基因的表达水平,这些差异基因包括抗病蛋白基因(R pr
PIN(PIN-FORMED)作为生长素输出载体,在生长素极性运输过程中起重要作用,但是目前在甘蔗中还没有相关研究.本研究结合甘蔗割手密种基因组数据、非生物胁迫和生物胁迫下的甘蔗栽培种转录组数据,通过生物信息学分析技术,对甘蔗割手密种PIN基因进行了基因家族鉴定、基因结构及功能分析.分析结果表明,甘蔗割手密种中共有22个SsPIN基因,其中包括15对串联重复基因,启动子包含16类顺式元件,外显子和内含子数目差别明显,分布于14条染色体.SsPINs氨基酸长度在305～791之间,其编码蛋白质分子量在33.
为了更好地利用甘蔗野生种蔗茅(Erianthus fulvus Ness.)的抗逆相关基因,并为转基因甘蔗抗逆育种提供可靠的候选基因.本研究利用电子克隆和RT-PCR的方法在蔗茅野生种\'蔗茅99-2\'中克隆到一个干旱诱导表达基因,并命名为FfNAC (GenBank登录号:MT499790).生物信息学分析表明,FfNAC基因ORF长度为765 bp,共编码254个氨基酸,具有一个保守的NAM结构域.编码的蛋白以无规则卷曲和α-螺旋为主,没有信号肽,具有多个磷酸化位点,没有跨膜结构.本研究为深
GRF转录因子参与多种生长发育过程,包括根、茎、叶和花的发育等.本研究基于荔枝转录组测序结果,共鉴定出22个GRF基因并分析其蛋白理化性质、系统进化、基因结构、miRNA靶基因和组织表达分析.结果表明,22个GRF蛋白的大小为72～246 aa,分子量为8 055.41～250 929.9 Da,等电点为4.96～10.44.大部分GRF蛋白为亲脂蛋白并主要定位于细胞核中.系统进化分析将其分为6类,相较于水稻,荔枝与拟南芥GRF的亲缘关系更近.22个GRF基因均含有WRC或QLQ结构域,同一类基因含有相似
YUCCA基因编码黄素单加氧酶,是IAA生物合成主要限速酶基因之一,在植物生长发育中起着重要调控作用.本研究对白梨全基因组数据库进行筛选鉴定,获得梨YUCCA基因家族基因14个,这些基因非均等地分布在8条染色体上.生物信息学分析发现,梨YUCCA基因长度相差较大,含有2或3个内含子;基因具有10个保守基序,其中黄素嘌呤二核苷酸结合位点和还原型辅酶Ⅱ结合位点为基因家族所共有.基因家族亲缘关系分析显示,梨YUCCA基因家族可以分为2个类群,与苹果YUCCA基因亲缘关系较近.亚细胞定位和结构分析显示,梨YUCC
胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)基因组中有一个编码含Rieske和SRPBCC结构域蛋白的基因CgCntA.为了研究CgCntA的功能,利用同源重组原理构建了该基因的敲除突变体菌株,并进一步对其表型进行了分析.结果发现,CgGntA的缺失不影响胶孢炭疽菌的营养生长.在预先刺伤的叶片上,CgCntA缺失突变体的发病率及病斑大小与野生型菌株没有明显差异;而在完整无伤口的叶片上,CgCntA缺失突变体的发病率及病斑大小明显低于野生型菌株,说明CgCntA与胶孢炭疽菌侵染
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