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目的 鉴定喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)患者生存相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点.方法 使用2000年1月-2012年12月在中国医学科学院肿瘤医院前期收集的98例患者样本,进行生存相关的全基因组关联研究(genome wide association study,GWAS),筛选出57个位于lncRNA基因上的多态位点.收集2009年1月-2018年3月解放军总医院、安徽医科大学第一附属医院和山东大学附属耳鼻喉医院的537例喉鳞状细胞癌患者样本,并在这些样本中验证初步筛选的57个多态位点.采用Sequenom MassARRAY基因分型平台进行基因分型.采用log-rank检验比较不同基因型患者的Kaplan-Meier生存曲线.通过多因素Cox回归比例风险模型计算不同基因型患者的死亡风险比(HR)及其95％CI.结果 研究发现rs17059513、rs10208830和rs2901182与喉鳞状细胞癌患者总生存显著相关.与携带rs17059513 AA基因型患者相比,携带rs17059513 AG基因型的患者死亡风险增高[HR(95％CI)为2.23(1.46～3.39)];与携带rs10208830 GG基因型患者相比,携带rs10208830 CC基因型的患者死亡风险降低[HR(95％CI)为0.75(0.61～0.92)];与携带rs2901182 CC基因型患者相比,携带rs2901182 CT基因型的患者死亡风险增高[HR(95％CI)为2.10(1.11～4.00)].多因素Cox回归加性模型分析显示rs17059513的HR(95％CI)为1.95(1.34～2.83),rs10208830的HR(95％CI)为0.77(0.63～0.93);显性模型分析显示rs17059513的HR(95％CI)为2.19(1.45～3.32),rs10208830的HR(95％CI)为0.74(0.56～0.98);隐性模型分析显示rs10208830的HR(95％CI)为1.59(1.10～2.30).通过风险等位基因或风险基因型的累积分析,发现与生存相关的这3个多态位点具有联合效应.携带3个风险等位基因或携带2～3个风险基因型的患者死亡风险较高,HR(95％CI)分别为3.11(1.71～5.65)和3.24(1.97～5.32).结论 鉴定出3个新的与喉鳞状细胞癌患者预后密切相关的基因多态位点,并可能成为预测喉癌患者生存的潜在标志物.