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采用基于尿素和离子液体溶解度不同的顺序提取法对Hela细胞的蛋白质进行分级提取，并采用改进的基于filter的方法分别对两个级份的样品进行预处理。得到的酶解产物，采用RP-RP进行分级，并分别用C18分离柱和C8分离柱对8M尿素方法和离子液体方法得到的肽段进行分离及质谱鉴定。此外，对分离梯度和质谱条件进行了优化，将分析时间缩短至34小时。最后，用整个策略对Hela细胞的蛋白质组进行分析，单次分析可鉴定到9790±58个蛋白质，对应于65126±388条肽段，8859±46个基因，其丰度的动态范围可达到9个数量级(n=3)。三次分析结果合并，共鉴定到12235个非冗余的蛋白质，对应86986条肽段，10572个基因。这是迄今为止报道的关于Hela细胞最大的蛋白质组数据集。较之前Mann鉴定到10255个蛋白质，对应于9207个基因，分别提高了19％和15%，且LC-MS的分析通量提高了7倍(-1.5天vs.12天)。