基于iTRAQ技术的良性气道狭窄肉芽组织成纤维细胞差异表达蛋白筛选和生物信息学分析

来源 :广东省医学会第十八次呼吸病学学术会议暨2015岭南呼吸论坛 | 被引量 : 0次 | 上传用户:a170911
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  目的 与对照组比较,筛选良性气道狭窄组患者气道肉芽组织成纤维细胞的差异蛋白及探讨其在良性气道狭窄发生发展中的相关机制。对象 2013年3-12月广州医科大学附属第一医院,实验组:良性气道狭窄患者5例(男4例,女1例),其中气管切开术后狭窄3例,气管插管术后狭窄2例;对照组:胸外科手术患者3例(男2例,女1例),肺癌手术患者。方法 (1)取良性气道狭窄患者气道肉芽组织及肺癌外科手术患者经病理确诊远离病灶的正常支气管组织,分别用组织块法培养成纤维细胞并用RIPA裂解液提取其蛋白质;(2)用iTRAQ联合2DLC-MS比较组学法对两组患者体外培养的成纤维细胞的蛋白质进行分析,得到两组患者成纤维细胞表达的全部蛋白质图谱,并采用iTRAQ分析软件ProteinPilot进行数据库检索,鉴定出成纤维细胞不重复且具有UniProt knowledge (UniProt KB)数据库编号的蛋白质,筛选出两组间表达有差异的蛋白质;(3)对两组全部蛋白质及差异表达的蛋白质进行生物信息学分析(Gene Ontology分析、pathway分析、蛋白质相互作用网络分析)并构建差异蛋白质相互作用网络;(4)用Western blot法对富集差异的PI3K-AKT通路上差异表达的蛋白质进行验证。结果 (1)经iTRAQ联合2DLC-MS比较组学法分析共获得4796个蛋白质,其中差异表达蛋白质93个;(2)生物信息学分析:Gene Ontology分析显示93个差异表达蛋白质是以具有结合功能且参与细胞生物进程的差异蛋白为主;Pathway分析显示有11条富集差异通路,其中包括了代谢作用、PI3K-AKT、糖异生等通路;相互作用网络分析显示93个差异蛋白质中有57个差异蛋白质间有相互作用;(3) Western blot验证结果与iTRAQ联合2DLC-MS比较组学分析结果一致。结论 (1)良性气道狭窄发生发展中多种差异蛋白质参与的细胞进程与功能通路发挥了重要作用,以具有结合功能的差异蛋白质为主;(2) PI3K-AKT通路对良性气道狭窄瘢痕的形成可能发挥调控作用。
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