优质鸡性成熟的早期选择受到育种工作者的广泛关注。为了探讨干毛程度是否能作为性成熟的衡量指标以及鸡出雏后不同时期(未干毛和干毛)羽毛发育的分子机制，本研究利用干毛率来反映鸡体羽干毛程度，对性成熟性状与干毛率进行遗传分析和聚类分析，并采用Affymetrix基因表达谱芯片筛选影响鸡干毛的相关基因，期望为性成熟的早期选择提供科学依据。　　对QMS资源群体进行遗传参数估计发现：开产日龄、开产体重、开产平均蛋重和耻骨宽的遗传力分别为：0.772、0.641、0.694和0.306。12-17周龄的背部干毛率以及14周龄胸部干毛率与开产日龄均存在高度的显著或者极显著遗传负相关(P<0.05或P<0.01)，表明干毛率(尤其是背部干毛率)可以作为鸡性成熟的衡量指标。背部干毛率遗传力数值范围为0.107-0.364，胸部干毛率的遗传力为0.060-0.269。对试验测定的16个指标的聚类分析发现，可以将开产日龄、开产耻骨宽、13周背部干毛率、16周胸部干毛率等4个典型指标作为性成熟选择的首选指标。　　基于组织切片技术，对杏花鸡羽毛形态结构的分析发现，未干毛与干毛的形态学差异主要体现在真皮乳头内陷的高度和圆柱形羽毛孔径的大小。这有利于从组织形态结构上确定鸡的干毛标准，以此为依据准确地采集用于鸡表达谱芯片分析的组织样品。　　采用Affymetrix鸡基因组表达谱芯片对杏花鸡出雏后的不同时期的毛囊进行差异基因分析，结果显示：未干毛组相对于干毛组的差异基因共1580个。上调基因共816个，其中包括仅不在干毛中表达的261个基因。下调基因共764个，包括214个基因仅在干毛中表达。基于生物学信号通路分析，本研究发现有17个生物通路和代谢途径发生了极显著变化(P<0.01)。其中上调基因主要富集在SHH信号通路、黑色素生成、甘丝苏氨酸代谢、硒基氨基酸代谢和Wnt信号通路等。下调基因主要富集在细胞粘附分子、细胞外基质一受体互作、黏着斑、血管平滑肌收缩、PPAR信号通路、ABC运输、钙信号通路、细胞因子-受体互作、氮代谢、内吞作用、神经配体-受体互作、肌动蛋白细胞骨架调控。结合1580个差异基因的GO注释与分析，本研究筛选出与形态发育和生殖发育相关的基因共83个，包括上调基因36个，下调基因47个，这些基因都可能作为研究鸡性成熟早期选择的候选基因。　　本研究发现干毛率可以作为鸡性成熟的衡量指标，利用基因芯片筛选出了影响形态和生殖发育相关基因表达谱，初步揭示了羽毛发育及性成熟相关基因表达的规律和功能，为研究鸡性成熟早期选择提供了表型和分子选择的基础依据。