自2001年我国国库集中收付制度改革全面实施以来,取得了相当显著的成效。计划经济体制下传统的以多重存款账户为基础的国库收付制度以分级分散模式为主,通过一系列的改革,改为市场经济体制下的以国库单一账户体系为基础的集中收付模式。这一改革深深地影响了我国财政收付制度。按照财政改革统一部署,我国高校作为中央或地方财政预算单位,2002年试点工作在教育部所属高校中展开。到目前为止,其部属的高校已全部纳入中央国库集中收付改革范围。由于中央及各省市国库集中收付制度改革仍处在摸索完善阶段,其对高校财务运作及管理产生积极效应的同时也带来了一定的负面影响。对高校而言,国库集中收付制度与多校区运作模式、校内成本核算模式、教学科研活动规律和学校中长期资金规划实施等现实情况存在脱节之处。所以我们针对高校国库集中收付制度改革的利弊进行深入研究是有其必要性的。本文首先描述了国内外高校中实施的国库集中收付制度的现状,特以美国高校为例分析其国库集中收付制度在其高校的运作方法及理论基础,从中总结学习了美国高校国库集中收付制度模式的经验,以便我国高校更好的适应这一制度改革。文章第二部分分别从经济学和政治学视角分析了国库集中收付制度的理论依据并详细介绍了我国国库集中收付制度体系的具体内容。第三部分阐述了我国高校实施国库集中收付制度改革的具体做法、背景以及目的,并分析了高校财务的变化。在此基础之上重点对高校在国库集中收付改革过程中存在的问题进行全面而深入地分析:包括高校学费收入等自筹经费纳入国库集中收付管理给高校财务状况带来了负面影响,财政管理制度改革进度不平衡对高校财务产生的影响,高校会计核算复杂性和业务成本大幅增加和部分地方财政年终结余国库资金管理办法不合理等方面。紧接着深入的解析了问题产生的主要原因,即高校的特殊性。最后,结合以上问题作者创新性地给出两种政策性建议:一是暂缓在高校推行国库集中收付制度;二是结合高校实际,实施灵活的国库集中收付制度。为高校财务管理工作怎样才能更好的适应国库集中收付制度的改革给出相应的对策。