全外显子组测序技术对两个眼前节发育不良家系致病基因检测

来源 :天津医科大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:aspiis6sql
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目的:运用全外显子测序技术对两个来自不同地区的常染色体显性眼前节发育不良家系进行致病基因突变的筛查,以及预测软件对突变可能造成的危害进行预测。方法:1.临床检查:对2个分别来自河南和河北的常染色体显性眼前节发育不良家系进行临床检查,包括全身一般检查以及眼科专科检查。眼部专科检查包括:最佳矫正视力,裂隙灯眼前节、玻璃体和眼底检查,眼底照相,超声生物显微镜等。2.实验室研究:在获得受检者同意后,抽取受检者静脉血5ml,提取全基因组DNA。选择合适的个体样本(家系1中选取2名患者及1名正常对照、家系2中2名患者及1名正常对照)进行全外显子组测序。筛选测序结果,排除非致病基因以及非编码基因后得到候选基因,将候选基因的结果在整个家系中进行直接测序,验证可能的突变基因。在整个家系中扩增突变位点所在片段,并进行限制性内切酶消化,以进一步确认突变位点与患者的关系。运用Polyphen-2,SIFT以及Human splicing founders软件对突变危害性进行预测。结果:家系1中共有4代17名成员,患者占9例,连续3代均有患者发病,符合常染色体显性遗传特征。临床检查证实9例患者均有不同程度的双眼眼前节发育异常。家系1中所有的患者眼前节检查和UBM表现为无虹膜,眼底像可见后部脉络膜缺失,以及黄斑发育不良,最佳矫正视力为光感到0.1。随着年龄的增长,第二代1例患者和第三代2例患者出现角膜浑浊和继发性青光眼,最终完全失去视力。家系2中共有8名成员,患者2例,表现为无虹膜,黄斑发育异常,最佳矫正视力可达0.1到0.2。在家系1的候选基因PAX6中,发现一已知错义突变T2A(p.M1K),家系2中相同的基因上发现一已知剪切位点突变c.357+1g>c。内切酶消化实验中,家系1每例患者酶切产物电泳所得的DNA条带均比正常对照多一条,患者之间无明显差异,可认为此位点与患者出现共分离现象,确认此位点为杂合突变位点。错义突变T2A(p.M1K)Polyphen-2评分为0.0分,SIFT软件评分为0分(有害)以及Human splice founders软件预测T2A(p.M1K)和c.357+1g>c两个突变位点均有可能改变剪切位点的位置。故两突变都有极大概率影响相应m RNA剪切位点以及蛋白质结构。结论:外显子测序技术联合直接测序技术快速检测出PAX6基因中T2A(p.M1K)和c.357+1g>c两个突变。限制性内切酶消化实验确认突变位点,并确认位点为杂合位点,符合之前认为家系1为常染色体显性遗传家系的结论。生物功能预测软件Polyphen-2,SIFT和Human splicing founders预测两ASD家系筛选出的致病突变,作出突变会影响m RNA剪切以及蛋白质结构的危害性预测。故确认T2A(p.M1K)和c.357+1g>c突变分别为两个ASD家系的致病突变。全外显子测序技术为此种临床表现复杂多样、分型困难的常染色体显性眼前节发育不良家系的致病基因检测提供了一种方便快捷的检出手段。
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