农村集体经济组织的内部运行机制完善,不能脱离其特别法人的法人属性。一方面,农村集体经济组织具有法人的独立性,其作为集体所有权代行主体不能与作为集体所有权主体的农民集体相互混同;同时在乡村振兴的进程中其承担着发展壮大集体经济的重要使命,不能与主要承担行政职能的村民委员会“合二为一”。另一方面,农村集体经济组织作为特别法人有其特别性,主要体现在成员资格的封闭性、治理机制的特殊性和债务清偿的有限性等方面。农村集体经济组织成员应当具有集体所在地的村社户口,并且以家庭成员为主要供给渠道。农村集体经济组织的治理机制要体现农村熟人社会的特点,并体现民主决议的平等性。农村集体经济组织的债务清偿应当将集体土地所有权排除在外,且其作为集体所有权代行主体不能破产。农村集体经济组织的内部运行机制设计可围绕静态治理结构和动态治理机制两个维度展开。其静态治理结构包括“集体成员”和“组织机构”两个关键要素。成员资格的认定应当区分基于法律行为和非基于法律行为的认定要素,遵循“资格法定”与“集体自治”相结合的原则;组织机构的设置应当以治理能力和资源属性为基础,并与其经营模式相匹配。其动态治理机制的构造应当致力于组织机构的顺畅运行和成员权利的有效行使。组织机构的运行应当以股权设置和民主决议为中心,合理分配集体与成员之间的权力和利益;成员权利的行使应当以权利实现和权利救济为重点,确保成员享有的权利内容能够落到实处。