牛通过人工选择进化成了不同品种,这些品种可以只用于奶生产或肉生产,也可以是奶和肉双重用途的品种。这种选择及育种方式在品种、年龄和组织之间可能会对牛自身能力（产肉、产奶和繁殖性状等）以及其他重要能力（适应性、抗病和免疫能力等）产生差异。本研究以荷斯坦奶牛和海福特肉牛为研究对象,对肝脏转录组和垂体转录组不同生长阶段基因表达情况和时序性基因动态表达趋势进行分析,挖掘差异表达基因和与泌乳、肉品质及免疫等相关的关键通路。另外利用群体分化指数对奶牛与肉牛肝脏和垂体组织中基因分化程度进行筛选,进一步确定奶牛与肉牛间泌乳、肉品质和先天免疫等其他表型相关的基因和途径。本研究获得的主要研究结果如下:1.本研究对荷斯坦奶牛和海福特肉牛的肝脏组织在不同生长发育月龄（6、9和12月龄）的基因表达情况与时序性基因的动态表达趋势,结果表明这些差异表达基因主要参与到PPAR信号通路、细胞色素P450信号通路和与天然免疫有关的信号通路中。其中34个基因是与脂质代谢和脂肪酸合成有关,8个基因与免疫和适应性有关。此外在相同表达趋势中,奶牛与肉牛的时序性表达基因与代谢途径相关信号通路上存在差异。2.对荷斯坦奶牛和海福特肉牛的垂体组织在不同生长发育月龄（6、9和12月龄）的基因表达情况与时序性基因的动态表达趋势,结果表明这些差异表达基因主要参与到c AMP信号通路、PI3K-AKT信号通路中。其中39个基因是参与到代谢过程和一些免疫反应中。此外在相同表达趋势中,奶牛与肉牛的时序性表达基因在氧化磷酸化途径、心脏收缩、非酒精性脂肪肝以及矿物质吸收过程中的存在差异。3.对不同发育阶段中奶牛与肉牛的全基因表达谱进行选择信号分析分析,最终获得了113个高度分化的SNP位点（Fst＞0.6）并筛选到54个受选择基因。进行QTL匹配发现在奶牛与肉牛间影响泌乳性状的基因是SP1、MCTP1、ATOH8、TAF3、COL14A1、NNT、LOC102172503、TEKT5,影响牛肉品质性状的基因是TCEB3、CNTNAP2、RHOBTB2、TEX2、LOC102181832,以及影响健康的基因是MYLK、LOC106502650、LOC102170952、PRUNE2、CHMP1B。结合SNP选择信号,本研究共获得8个基因:SP1、TAF3、COL14A1、NNT、CNTNAP2、RHOBTB2、MYLK、CHMP1B,它们不光与泌乳、肉质和健康性状相关,还参与到多条抗病性、代谢途径、先天免疫信号通路中的基因。