【摘 要】
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儋州鸡原产于儋州市北岸地区,是具有典型热带岛屿特色的小型鸡,因体小、骨硬、肉质紧实,被当地称为石鸡或北岸小种鸡,具有肉质好、高蛋白、低脂肪等特点。为深入探讨儋州鸡肉品质特性的遗传影响因素,本研究对200只120日龄儋州鸡进行肉品质指标测定,并利用Illumina Nova6000平台的PE150测序模式对上述200只儋州鸡60日龄时进行全基因组重测序,使用广义线性模型（GLM）对儋州鸡屠宰后肉品质
【基金项目】
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海南省重点研发计划（ZDYF2020090）； 国家自然科学基金（31860628）； 海南省自然科学基金项目（高层次人才2019RC321、青年基金319QN307）； 中国热带农业科学院基本科研业务费专项基金（1630032021013）；
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儋州鸡原产于儋州市北岸地区,是具有典型热带岛屿特色的小型鸡,因体小、骨硬、肉质紧实,被当地称为石鸡或北岸小种鸡,具有肉质好、高蛋白、低脂肪等特点。为深入探讨儋州鸡肉品质特性的遗传影响因素,本研究对200只120日龄儋州鸡进行肉品质指标测定,并利用Illumina Nova6000平台的PE150测序模式对上述200只儋州鸡60日龄时进行全基因组重测序,使用广义线性模型（GLM）对儋州鸡屠宰后肉品质性状（pH、肉色、嫩度、滴水损失、肌内脂肪含量等）数据开展全基因组关联分析,筛选其肉品质相关候选基因。其结果如下:1)肉品质测定结果:胸肌pH45min、pH24h、pH48h分别为5.78±0.31、5.54±0.12和5.54±0.11,腿肌pH45min、pH24h和pH48h分别为6.09±0.24、5.89±0.21和5.89±0.21;胸肌肉色L*、a*、b*分别为52.67±4.28、2.32±1.96和8.75±2.31,腿肌肉色L*、a*、b*分别为42.93±4.44、15.54±4.12和10.51±2.05;胸肌和腿肌剪切力分别为24.16±3.81N和33.46±5.27N;胸肌和腿肌滴水损失分别为4.24%±1.19%和10.06%±2.23%;胸肌和腿肌肌内脂肪含量分别为1.58%±0.61%和2.65%±1.60%。结果表明儋州鸡腿肌的pH、肉色和肌内脂肪含量均极显著优于胸肌（P＜0.01）,胸肌的嫩度和保水能力均极显著优于腿肌（P＜0.01）。2)全基因组测序结果:通过重测序鉴定出2.16TB的有效测序数据,根据MAF＞0.05和数据完整度＞0.8进行过滤,并保留其中存在双等位基因多态的SNP,最终筛选得到了1242万个SNPs位点,对其进行结构注释得到了88596个遗传变异和105332个插入缺失。3)全基因组关联分析结果:a.筛选出HS6ST3、UGGT2、DNAJC3、PROZ、PRPH、C1QL4和SPATS2等基因可能为pH性状的候选基因;b.筛选出VEZT、METAP2、NTN4、LTA4H、UGT8、CACNA1G、ACSF2、CLSTN3、PEX5、RBP5和Eph A1等基因可能为肉色性状的候选基因;c.筛选出PCK1和RBM38等基因可能为嫩度性状的候选基因;d.筛选出CEP83等基因可能为滴水损失性状的候选基因;e.筛选出VEGFA、GRB10和LPAR4等基因可能为肌内脂肪含量性状的候选基因。
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