儿童结节性硬化癫痫脑组织与儿童正常脑组织circRNA基因表达差异分析

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目的探讨儿童TSC癫痫脑皮层结节与儿童正常脑皮层circRNAs的差异表达谱及生物学功能,挖掘新的circRNAs临床标志物和潜在治疗靶点。方法选取确诊儿童TSC癫痫患者脑组织样本和儿童正常脑组织样本各5例,进行circRNAs高通量测序,检测并分析两组脑组织中circRNAs的表达差异。以差异倍数(Fold change,FC)≥2,且P<0.05为筛选条件,对两组样本中差异表达的circRNAs进行GO富集和KEGG通路分析。采用mi Randa预测显著差异表达的circRNAs潜在可结合的mi RNAs位点,构建circRNA-mi RNA-m RNA基因表达调控网络,根据生物信息学分析和预测结果,推断潜在生物学功能。通过q-PCR验证儿童TSC癫痫脑皮层结节与儿童正常脑皮层的相对表达水平。结果5例TSC癫痫中,男4例,女1例,平均病程3.90年(1.67~6.00年),手术平均年龄4.33岁(1.92~6.25岁);以FC≥2且P<0.05作为差异表达标准,共筛选出517个在儿童TSC癫痫与正常儿童差异表达的circRNAs,其中312个circRNAs表达上调,205个表达下调;从生物信息学GO功能分析结果发现这些差异表达circRNAs大多定位在树突分支、核包涵体、突触前活跃区,具有调节1-磷脂酰肌醇3-激酶活性功能,以及参与水解酶活性的正向调节、血细胞生成、免疫系统发育、胚胎器官发育等生物学过程等多种生物过程;Disease富集发现,这些差异表达circRNAs大多与重度抑郁症、多发性硬化症等有关,其中也包括癫痫;KEGG通路富集分析结果提示,circRNAs及mi RNA-m RNA对应的线性基因涉及与TSC癫痫关系密切的PI3K-Akt和m TOR信号通路;circRNAs-mi RNA共表达和互作分析显示,这些差异性表达的circRNAs存在多个mi RNAs结合位点,其中hsa-mi R-6511a-3p、hsa-mi R-6511b-3p、hsami R-671-5p、17_30568-3p(dsi-mi R-983a-3p)可以调控GNB4,而hsa-mi R-6772-3p和16_28944-3p(mmu-mi R-6943-3p)可以调控ITGB4,而GNB4和ITGB4位于PI3KAkt-m TOR信号通路上游,具有直接调控活化作用;通过对mi RNA-m RNA调控分析发现,hsa-mi R-671-5p对EIF5B,hsa-mi R-671-5p和hsa-mi R-6772-3p对MCM5,hsa-mi R-671-5p和hsa-mi R-6511a-3p对NMT1可能具有负向调控作用;q-PCR验证发现儿童TSC癫痫患者与正常儿童大脑皮层组织中PI3K-Akt和m TOR信号通路相关的5个circRNAs中除了hsa_circ_6431外,其余4个hsa_circ_0010716(P=0.0235),hsa_circ_7697(P=0.0169),hsa_circ_7707(P=0.0217),hsa_circ_9929(P=0.0217)的m RNA相对表达量均明显低于正常儿童,差异具有统计学意义。结论本研究确定了儿童TSC癫痫患者脑组织中circRNAs的差异表达谱;生物信息学分析表明,这些差异表达circRNAs可能通过circRNA-mi RNA-m TOR调控网络在儿童TSC癫痫发生发展中发挥重要的调控作用。图8幅;表7个;参141篇。
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