论文部分内容阅读
目的:研究TRIM59在肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)中对细胞增殖和免疫浸润的影响及其临床意义。方法:(1)基于The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库中的33种肿瘤,分析TRIM59在泛癌中的表达情况和临床意义。(2)利用TCGA-LIHC(Liver hepatocellular carcinoma)、GTEx、GSE25097数据集和HPA数据库分析TRIM59在HCC肿瘤组织与正常组织中的m RNA和蛋白水平上的表达差异。(3)利用Kaplan-Meier Plotter(KM)和TCGA数据库,分析TRIM59与HCC患者临床特征及预后的关系。(4)分别在基因突变、甲基化以及上游mi RNA层面分析TRIM59在HCC中高表达的潜在机制。(5)基于linkedomics数据库分析HCC中与TIRM59表达相关的基因集,并进行Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析;基于STRING数据库分析TRIM59的蛋白质互作(Protein-protein interaction,PPI)关系。(6)通过TIMER、TIMER2.0、TISIDB数据库分析TRIM59对HCC免疫微环境的影响包括与免疫细胞浸润及免疫检查点抑制剂(Immune checkpoint check-point inhibitors,ICIs)的关系,并进一步基于目前学者们提出的几种HCC免疫分型类型,分析TRIM59可能导向的HCC免疫分型方向。(7)通过聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)和蛋白免疫印迹(Western blot,WB)验证TIRM59在HCC中的差异性表达。(8)通过CCK8、克隆形成实验和磷脂酰肌醇3激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PI3K-AKT)通路实验探究TRIM59对HCC细胞增殖的影响及潜在机制。结果:(1)TRIM59在18种TCGA肿瘤中高表达,且是影响KIRP(Kidney renal papillary cell carcinoma)和LIHC预后指标总生存期(Overall survival,OS)、疾病特异性生存期(Disease special survival,DSS)、无进展间歇期(Progression free interval,PFI)的危险因素。(2)TRIM59在HCC肿瘤组织中明显高表达;亚组分析显示,TRIM59的表达在不同的T、N、M分期,病理分期、组织学分级、血清甲胎蛋白(Alpha fetoprotein,AFP)水平及不同的年龄、性别亚组中存在明显差异;logistic回归分析表明年龄、性别、T分期、病理分期、组织学分级,以及AFP和体质指数(Body mass index,BMI)是影响HCC中TRIM59表达的主要因素。(3)TRIM59影响了HCC患者的OS、无复发生存期(Relapse free survival,RFS)、无进展生存期(Progression free survival,PFS)、DSS预后;亚组分析显示,在索拉菲尼治疗组、组织学分级G1组、男性组、无血管侵犯组、病理分期I期组中,TRIM59显著影响了患者预后OS,尤其是索拉非尼治疗组;单、多因素Cox回归分析表明TRIM59是影响HCC患者OS、DSS、PFI预后的独立危险因素。(4)hsa-mi R-328-3p可能是导致HCC中TRIM59高表达的潜在调控因素之一。(5)HCC中TRIM59表达相关的基因集GO和KEGG富集分析显示与细胞周期和细胞分裂等增殖相关的信号通路与生物学过程明显富集,PPI互作显示TRIM59蛋白与ESR1、STAT3、EGFR、CCND、IGF1R等蛋白联系密切。(6)TRIM59明显影响了HCC中免疫细胞的浸润,尤其是与骨髓来源的抑制性细胞(Myeloid-derived suppressor cell,MDSC)、调节性T(Treg)细胞、肿瘤相关的成纤维细胞(Cancer associated fibroblasts,CAF)这类免疫抑制性细胞浸润明显正相关;与免疫抑制性分子标志包括耗竭性T细胞、Th17的细胞标志及几乎所有的ICIs,尤其是PDCD1、CTLA4、TIGIT、TGFBR1、TGFB1明显正相关。(7)HCC中TRIM59的高表达可能导致患者免疫分型更偏向:Sia的免疫衰竭型、Schulze的增殖型、i Clusters 1型、Shimada的MS1型,Zhang的免疫抑制亚型、Fujita的Treg亚类以及Liu的TIME-2型,尤其是Shimada的MS1型、Zhang的免疫抑制亚型和Liu的TIME-2型。(8)TRIM59在HCC细胞系中明显高表达,包括m RNA和蛋白质水平。(9)HCC细胞中TRIM59的敲低,抑制了肿瘤细胞增殖和克隆形成,并降低了PI3K-AKT通路的活化。结论:1.TRIM59在HCC中高表达且可能受hsa-mi R-328-3p调控,是HCC预后不良的独立危险因素;2.敲低TRIM59抑制HCC细胞增殖和PI3K-AKT通路的活化;3.TRIM59影响HCC免疫浸润并有助于促进免疫抑制性微环境的形成。