生物医药产业被称为21世纪最具成长力的新兴产业,对我国国民健康以及国家经济发展来说都具有重要意义。作为知识密集型的高新技术产业,科学创新是生物医药产业发展的核心驱动力。然而,当前生物医药领域技术方向呈现出多样性和复杂性并存的系统特征,单个创新主体独立研发力量远不能满足生物医药领域知识创新要求,合作创新已成为必然趋势。以高校、企业、研究机构为核心主体,以政府、创新平台、中介组织等为辅助主体的多主体协同的网络创新模式帮助各类创新主体进行深入合作和资源整合,产生1+1+1＞3的非线性效用,能够有效提升创新效率。鉴于此,对我国生物医药领域合作创新网络进行研究显得尤为重要。本研究收集2001-2020年的合作论文数据,构建我国生物医药领域多层级合作创新网络进行相关研究。首先通过提取机构合作信息构建机构合作网络,从微观层次观察合作网络创新主体结构特征与演化规律,识别核心创新主体。其次提取省际合作信息构建区域合作网络,从宏观层次观察合作网络空间结构特征与演化规律,研究各省在合作网络中的地位。最后提出在区域层面上合作网络结构与创新绩效的关系假设并对其进行实证检验。主要研究结果如下:（1）创新主体的网络结构呈现出整体联系松散但核心主体周围网络联系紧密的特征。网络规模随时间推移逐渐增大,合作关系逐渐增多。高校和科研院所始终占据在网络的核心位置,而企业参与合作较少,总是处于网络边缘位置。（2）从空间维度来看,区域合作网络整体结构联系密集,呈现比较均衡的态势。随着时间推移,合作的区域越来越多,合作联系愈发紧密。前期网络资源集中于部分核心区域,后期基本形成以环渤海、长三角、珠三角以及川渝双城经济圈为核心、向周围地区辐射的紧密合作创新网络。宁夏、西藏、青海等地合作创新力量始终不足,合作意识较弱。（3）合作网络结构对创新绩效的影响在区域层面得到验证。合作网络的度数中心度、中介中心度、结构洞系数和聚类系数对创新绩效具有显著的影响,增加合作区域、位于网络核心位置、占据结构洞地位和周围网络集聚都能帮助区域提升创新绩效。