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目的:1、通过对GEO数据库(Gene Expression Omnibus database)现有的基因数据进行深度挖掘和分析,筛选人Dukes’B期结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)发生中关键的失调基因;2、基于网络药理学和生物信息学分析,预测月腺大戟素A(Ebracteolatain A,EA)对人Dukes’B期CRC作用的靶点并探讨其影响机制;3、综合网络药理学及GEO数据分析的结果,探讨EA作用于人Dukes’B期CRC的关键核心基因及其作用,并用分子生物学方法进一步验证。方法:1、Dukes’B期CRC发生的失调基因的筛选:通过GEO数据库对现有的人Dukes’B期CRC相关的芯片数据进行收集、处理并整合,利用GEO2R(GEO to R)在线分析工具对所选的芯片数据进行进一步分析及归一化校正,获得与人Dukes’B期CRC发生相关的关键基因;用R语言程序包对收集到的人Dukes’B期CRC组织和正常结直肠组织芯片数据进行基因表达量的差异分析,并用火山图(Volcano Plot)可视化差异分析的结果。2、预测EA作用于人Dukes’B期CRC的分子机制:通过Swisstarget Prediction数据库和Target NET数据库收集EA可能的作用靶点及其相关信息,结合筛选出的差异表达基因,进一步筛选和分析EA作用于人Dukes’B期CRC的靶点;利用STRING数据库及Cytoscape_v3.8.2对数据进行网络可视化并绘制蛋白-蛋白相互作用网络图(Protein-Protein Interaction network,PPI);基于R语言程序包对分析后所得的预测靶点进行富集分析并获得关键的核心基因。3、验证EA对人Dukes’B期CRC细胞的关键核心基因的影响:检测EA对人正常结直肠粘膜细胞NCM-460的毒性,测定EA对人Dukes’B期CRC细胞SW480的半数抑制浓度(Median Inhibition Concentration,IC50)。以IC50时的EA处理SW480,利用实时荧光定量PCR和Western Blot检测SW480中关键核心基因在m RNA和蛋白水平的表达。结果:1、人Dukes’B期CRC发生的关键核心基因:选用了基因芯片GSE37364,对照组和实验组分别为38和14个样品数(Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array);分析获得差异基因总数为5411个条目,可清晰注释的基因有3469个,其中上调基因1474个,下调基因1995个。2、EA作用于Dukes’B期CRC的分子机制:获得可能的药物作用靶点217个,药物靶点与疾病靶点的共同作用靶点共57个(在疾病中表达上调的基因有19个,表达下调的有38个)。利用STRING数据库及Cytoscape_v3.8.2使共同作用靶点形成PPI网络,该网络中有46个靶点,并得到2个聚类以及PTGS2、ESR1、MMP9和SERPINE1 4个关键的核心基因。GO(Gene Ontology)分析发现,这46个基因靶点主要涉及生物学过程(Biological process,BP)757个、细胞组分(Cellular component,CC)37个、以及分子功能(Molecular function,MF)63个;KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析发现,这46个预测靶点涉及38条信号通路,其中富集在氮代谢(Nitrogen metabolism)通路上的相关性最为显著,该通路含有碳酸氢酶2(carbonic anhydrase 2,CA2)、CA4、CA7和CA9 4个关键核心基因,主要涉及:癌症通路(Pathways in cancer)、白介素-17信号通路(IL-17 signaling pathway)、肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)、癌症小分子核糖核酸(Micro RNAs in cancer)、内分泌抵抗(Endocrine resistance)、雌激素信号通路(Estrogen signaling pathway)和癌症蛋白聚糖(Proteoglycans in cancer)等7条信号通路。3、EA对人Dukes’B期CRC细胞SW480的作用及机制:CCK-8法检测结果显示,EA对正常结直肠细胞NCM-460在低剂量下无明显毒性,在高剂量下仅有25-35%的抑制率;EA处理SW480细胞24h、48h和72h后IC50分别为41.24μg/ml、30.20μg/ml和29.65μg/ml;RT-q PCR和Western Blot结果显示,EA干预后SW480中上调基因的PTGS2、MMP9和SERPINE1 m RNA和蛋白质表达降低,而下调基因ESR1 m RNA和蛋白质的表达则升高,与网络药理学研究结果一致。结论:筛选出了人Dukes’B期CRC发生的关键失调基因;预测出EA作用于人Dukes’B期CRC可能的关键作用靶点及其所涉及的信号通路,主要有上调基因PTGS2、MMP9和SERPINE1以及下调基因ESR1等;生物学研究发现,EA对正常细胞毒性很低,但能够抑制前述疾病上调基因的表达和促进下调基因的表达,明显抑制Dukes’B期CRC细胞SW480。