以小说书写历史是黄锦树小说创作的一个显著特征。历史的虚构性与小说的真实性在他的作品中相互交缠。出于对身份认同的焦虑以及对“中国性”的矛盾心态,黄锦树希望能够摆脱“中国性”的影响而作为一个独立个体进行创作。他的小说一方面对大马华“史前史”进行文学性的演绎,这段历史由于史料的缺失而成为其非写不可的理由。另一方面,他关注隐秘的马共等被官方遮蔽的历史,但却并非以“去蔽”、呈现完整的真实为目的,而是在各方叙述的裂隙之间发挥想象,他的“后马共”小说试图抵达革命历史的暗面与内核。从个人与家族历史的角度,黄锦树还以旧家系列小说来想象原乡。在小说中,黄锦树让历史在个体的叙述中被重构。主要体现在以下三个方面:其一,以“逆写”历史的方式从文本的角度体现马华文学的独特性,小说重设历史的前提,进而回答大马华人政治、种族、身份认同等一系列的问题。其二,将身体/历史的暴力与创伤在小说中重现,体现了抚平历史创伤的努力。其三,用重复与互文的叙事手法编织出历史的精神之网。黄锦树小说中历史书写的精神旨趣也颇有辨识度,通常以密集的语言修辞、疯人为主要形象、狂暴的叙事构成其狂欢化的“雨林叙事”,其背后的历史感也显现出来;胶林的寓言化空间叙述,是寄托着黄锦树关于离散、历史困境等问题的重要意象;在他的小说中时间常常具有含混的特征,时间的错位、跳跃与循环,体现了黄锦树内在的时间知觉,通过时间结构沟通或体现历史结构的写作企图。作为小说家的黄锦树无法回避用中文创作,他在回应历史的过程中,以欲望的书写趋近历史意识。对于“他者”印象的破除,也是黄锦树小说努力抵达之处,尽管他从不急于宣告历史的立场,但他却在对历史的书写中保持着对于经典化的努力。