东北梅花鹿(Cervus nippon hortulorum)是国家I级重点保护野生动物,是我国珍稀鹿类动物;西伯利亚狍(Capreolus pygargus)是我国重要的经济动物,是鹿科动物中最为广泛的物种之一。在长白山北部山地,二者均为东北虎、东北豹的主要猎物。在同域分布中梅花鹿与狍的遗传适应性一直是当前生物多样性保护关注的热点问题。本文于2017年11月-2018年3月在黑龙江省绥阳和吉林省汪清自然保护区采集东北梅花鹿和同域分布的西伯利亚狍粪便样本共104份,使用粪便DNA提取试剂盒Qlamp DNAstool Mini Kit对采集的粪便样品提取DNA。本研究利用线粒体细胞色素b基因对在中国东北地区采集的疑似野生梅花鹿和野生狍的粪便样品进行物种鉴定,鉴定所采集的样品是否属于梅花鹿或者狍,分别利用微卫星标记对已经确定的野生梅花鹿和野生狍的样品进行个体识别,并利用微卫星比较分析野生梅花鹿和野生狍的遗传多样性的差异,得到结果如下:1、对线粒体细胞色素b基因序列进行Blast 比对确定粪便样品的物种来源,确定104份粪便样品仅有24份是梅花鹿粪便样品,其余均是狍的粪便样品。2、分别采用12对梅花鹿微卫星引物和7对狍微卫星引物,通过基因分型方法对梅花鹿和狍进行个体识别。确定24份梅花鹿粪便样品来自于21个个体,80份狍的粪便样品来自于69个个体。3、利用微卫星分析东北梅花鹿与同域分布西伯利亚狍遗传多样性发现:东北梅花鹿与西伯利亚狍的遗传多样性均较高,狍的遗传多样性(He=0.8044)高于梅花鹿种群的遗传多样性(He=0.7806)。并且东北梅花鹿的遗传多样性较近几年来有所恢复,遗传多样性高于 2013 年(He=0.721),2017 年(He=0.730)。