村民自治是农村居民根据法律规定独立自主地管理本村事务的基层群众自治制度,是中国特色社会主义政治制度的重要形式,也是新形势下农村基层治理的一种有效方式。它充分体现了群众自治、直接民主、普遍平等原则和特点。村民自治既是对社会主义自治理论的发展,又是对社会主义自治制度的创新,也是对中国村治传统的突破和超越。自上个世纪80年代末以来,村民自治在中国农村逐步推开,取得了巨大的成就。在村民自治引起广泛关注的同时,村党支部和村委会的关系问题日益凸显,成为理论界和实践工作者关心的热点与难点。村民自治下,村党支部和村委会应该如何运作,才能在有效地保证党支部领导核心作用的同时,保障村委会职能的充分发挥,是一个迫切需要解决的理论和现实问题。论文通过对制度规定和实际情况的结合,叙述了农村党支部和村民委员会的发展过程,对“两委”运作现状进行了分析,指出了存在的问题和矛盾产生的原因,同时总结分析了当前解决“两委”运作矛盾的几种治理模式。最后,对在村民自治下,应该建立一个什么样的“两委”运作模式和怎样建立“两委”运作模式进行了探索,旨在有所推进对这一问题的研究。