随着知识经济的深入发展,创新知识已经成为企业生存和发展的立身之本和为企业在市场竞争中赢得优势的重要战略资源。但近年来我国创新市场套利行为频发,这一行为严重损害了知识产权所有者的权利,对社会主义市场经济秩序造成破坏。从企业角度出发,套利行为频发的原因主要是大多数创新企业过多关注创新研发投入,而忽略了对创新成果的保护,没有形成完善的知识产权内部管理制度。一方面企业需要创新研发来为企业在市场竞争中赢得优势,另一方面需要知识产权保护来维持竞争优势。由于企业资源的有限性,过多的研发投入会使得保护投入不足而产生套利行为挤压创新市场,过多保护投入会使得研发投入不足导致企业后续创新动力缺失。因此,研究企业创新资源在研发和保护中的合理分配,将既有利于企业创新研发保持创新活力,又有利于成果保护保持核心竞争力。鉴于此,本文基于资源基础理论、企业资源分配理论和要素禀赋结构理论,针对创新企业研发与保护的资源投入比例问题,借鉴了柯布道格拉斯生产函数和生产、保护与分利模型,构建了考虑创新市场套利企业比例、套利活动强度、资源产出水平等因素的企业目标函数,得出研发与保护的最优资源投入分配比例,并通过定量分析和数值仿真研究了各因素与资源分配比例之间的线性关系。主要研究内容如下:（1）分析企业资源在研发活动与保护活动之间分配的影响因素:基于企业资源基础理论,根据对企业研发投入和企业创新成果保护两方面的文献分析,结合企业所处的市场环境和宏观政策背景,从企业内部和外部两个维度出发,分析影响企业资源在创新研发投入和创新成果保护投入两方面分配的因素。（2）企业在追求产出最大化情形下企业资源的最优分配比例:考虑了创新市场套利情况和资源产出水平因素,构建研发企业的产出模型,求解得出企业的最优资源分配比例。研究发现创新市场套利企业占比和套利活动强度与资源分配比例正相关,资源产出水平与资源分配比例呈负相关。（3）企业在追求利润最大化情形下企业资源的最优分配比例:考虑了创新产品的价格和资源的边际成本变化率因素,构建研发企业的利润模型,求解得出利润最大化情形下的最优资源分配比例。研究发现创新产品的市场平均价格与资源分配比例负相关,资源的边际成本变化率与资源分配比例呈正相关。（4）禀赋结构约束下企业最优资源分配比例:考虑了禀赋结构供求相等和比较优势,分别构建了禀赋结构供求相等和充分发挥比较优势两种情形下的企业利润模型,求解得出禀赋结构约束下的最优资源分配比例,发现禀赋结构供求相等时资源分配比例受资本密度和市场套利情况影响,充分发挥比较优势时资源分配比例仅受市场套利情况影响。（5）选取中兴通讯股份有限公司为案例进行分析,计算近十五年企业用于保护活动的资金比例,分别验证了资金分配比例与企业成本、企业收益等因素之间的关联。