对比IDH突变,WHO 2级星形细胞瘤与少突细胞瘤的分子特征差异和构建胶母细胞瘤免疫预后模型分析

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tanner007
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目的:本研究旨在利用大数据方法,根据2021版WHO中枢神经系统(central nervous system,CNS)肿瘤分型指南,比较IDH突变(IDH-mt),WHO 2级的低级别胶质瘤(low grade glioma,LGG)间分子肿瘤学特征差异,并结合公共数据库中的多组学数据探究其微环境特征。方法:分别从公共数据库中下载有关胶质瘤的多组学数据,包括:mRNA测序数据、体细胞突变数据、拷贝数变异(copy number alternation,CNA)数据、DNA甲基化、microRNA(miRNA)数据、蛋白质组表观遗传学数据和临床数据。基于既往所发表的相关文献和算法评估肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)特征。基于肿瘤纯度特征,利用主流机器学习算法对上述IDH-mt,WHO 2级的星形细胞瘤和少突细胞瘤构建诊断模型,通过受试者工作特征曲线(receiver operating curve,ROC)评估诊断模型的精确度。结果:按照最新版WHO CNS肿瘤分型指南对获取的数据进行清洗,TCGA数据库中共有235名LGG患者符合纳入标准,其中星形细胞瘤140人,少突细胞瘤95人;CGGA数据库中共有21 1名LGG患者符合纳入标准,其中星形细胞瘤1 16人,少突细胞瘤95人。经过统计学分析发现两者均呈现出染色体组不稳定性,星形细胞瘤的总CNA较少突细胞瘤更高。少突细胞瘤呈现出典型的4号染色体缺失,亚组分析显示有4号染色体缺失和7号染色体扩增的少突细胞瘤总生存期(P=0.004)和无进展生存期(P<0.001)均较差。在DNA损伤修复特征中,少突细胞瘤有较高的亚克隆基因组分数(P<0.001)和肿瘤纯度(P=0.001),星形细胞瘤则具有较高的非整倍体分数。此外星形细胞瘤展现出了炎性T细胞浸润和T细胞活化的TME特征,其对免疫检查点抑制剂也具有更多潜在应答;而少突细胞瘤的肿瘤纯度较高,瘤内异质性较小,肿瘤的侵袭性较低。所构建的肿瘤纯度相关诊断模型可以作为诊断量化工具,在鉴别两种LGG中具有较高的准确性。结论:本研究基于最新指南,创新性地探讨了 IDH-mt,WHO2级的星形细胞瘤与少突细胞瘤之间的共性与差异,有助于神经肿瘤医师深入了解两种肿瘤的各种分子特征、TME、肿瘤纯度和预后关系。并且基于肿瘤纯度和机器学习算法开发的诊断工具可以协助两种LGG的诊断,为临床决策提供帮助。目的:脑胶质瘤是一种具有高度侵袭性和浸润性生长的肿瘤,预后往往难以令人满意,而胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)的预后最差,缺乏有效的治疗方案。由于GBM有着独特的基因组学、遗传学、表观遗传学和肿瘤免疫微环境(tumor microenvironment,TME)特征,开发GBM对应的免疫预后模型(immune prognostic signature,IPS)和确定IPS和GBM的TME关系值得进一步研究。本研究的目的是鉴定出与GBM预后相关的免疫基因,并且利用生物信息学算法构建一个预测GBM预后的IPS模型,并在验证集中验证上述结果。方法:对来自癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和中国脑胶质瘤基因图谱(Chinese Glioma Genome Atlas,CGGA)的数据库中的公共队列中的mRNA测序和对应临床数据进行匹配。通过差异化表达、Cox、Lasso(Least absolute shrinkage and selection operator,Lasso)回归等方法筛选 IPS panel 基因并验证IPS的预后价值。分析IPS和GBM的TME浸润的免疫细胞的关系,并在独立的免疫治疗队列中验证IPS对免疫检查点抑制剂治疗的预测效果。结果:首先对TCGA数据库中的GBM和正常组织之间进行差异化表达,然后对差异化表达的基因进行单/多因素Cox分析并进行Lasso回归分析。由Cox回归分析首先筛选出21个免疫预后基因,经过Lasso放缩后最终确定8个IPS panel基因,接着系统分析了 IPS和各种免疫微环境特征如免疫细胞浸润的相关关系。IPS可以由风险评分将TCGA数据库中的GBM患者分为高、低风险亚组,单/多变量Cox分析显示IPS是一个独立的GBM预后因素。之后根据IPS和各种临床特征构建TCGA-GBM患者的生存列线图,将IPS的作用在CGGA验证集中进行了验证。为进一步发现高、低IPS亚组对免疫治疗的应答水平,使用IMvigor210免疫治疗队列进行验证发现低风险IPS组患者有更高的抗PD-L1免疫应答水平。结论:IPS模型可以将GBM患者分为具有不同分子特征和临床表型的亚组,IPS也可以用于预测免疫治疗的效果。这些发现有助于进一步描述GBM的肿瘤微环境,为癌症的免疫治疗提供更多信息,并在一定程度上促进了精准免疫肿瘤学的发展。
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