学科是大学建设的龙头,学科治理是地方高校建设和发展过程中必然要面对的问题。如何突破地方高校学科建设和发展的瓶颈,根变目前学科治理效能偏低的现状,继而促进地方高校学科的有效建设和良性发展,是一个值得探究的问题。构建科学的学科治理体系及其有效的运行机制,是应对地方高校学科建设和发展之困境,完善地方高校学术治理体系的根本路径。科学构建学科治理体系,是提升地方高校学科治理能力的“牛鼻子”。通过考察中世纪大学学科建设和管理体系、西方现代大学学科治理体系的构建情况,以及中国地方高校学科治理体系的构建依据与约束条件,可析出其高校学科治理体系构建的共性特征。在此基础上,提出中国地方高校学科治理体系的基本构建路径,主要包括“自上而下”和“自下而上”两类,其具体方略在于:强化学科共同体及其文化建设,促动决策主体的多元化,改善学科决策结构,构建科学有序的决策程序。科学构建学科治理体系的关键在于其“治理体系”本身的合法性与合理性。故而,首先需要从应然层面系统探究地方高校学科治理体系构建的合法性要素,再从实然层面分析地方高校学科治理体系的合法性困境,继而针对困境,提出地方高校学科治理体系的合法性路径在于:加大投入学科资源,打造学科共同体文化;构建分权治理机制,促进各主体共同参与;完善相关制度法规,建立健全各相关机制。与地方高校学科治理体系的构建密切相关的是体系的运行问题,即运行架构和运行机制。在横向框架上,应依据不同学科事务的类别设立专门委员会;在纵向框架上,可据地方高校实际,设置校—院—系各层级学术委员会,亦可设置学科临时事务委员会加以补充。地方高校学科治理体系运行机制的构建,首先须关注地方高校学科治理体系的构成要素,遵循“起点-过程-终点”的事物发展的逻辑顺序分析构成要素。尔后,通过考察地方高校学科治理体系的运行现状,检视运行机制的完备与合理情况,继而分析其可能引致的问题。最后,提出地方高校学科治理体系运行机制的初创路径,根据实施情况来具体规划后续路径,促动其运行机制进一步健全,进行自我维持与扩散。