保护投资者特别是中小投资者的合法权益是资本市场稳定发展的前提。我国证券市场经过十几年的发展，取得了较大的成绩。然而，不容置疑的事实是对中小股东权益的保护水平还较低，侵害中小投资者权益的行为时有发生。上市公司中小股东权益被侵害的原因主要有:公司内部治理结构不完善，股东大会由一个民主决策机构演变为控股股东合法转移上市公司利益的工具，董事会缺乏独立性，监事会监督不力;法律制度不完善;证券监管体系不健全，以及中小股东自身的原因，诸如“不作为”的参与态度和盲目的投机心态。　　金融行业因其特殊地位受到从监管层到投资者的重点关注。中国平安和深发展的资本并购案是我国A股市场有史以来上市公司之间最大的并购案，本文以这一案例为背景分析中小股东权益保护问题。　　文章主体共分为四部分:第一部分对中小股东权益保护的相关理论进行概述，详细介绍其中牵涉到中国平安和深发展并购交易的因素;第二部分详细介绍交易双方的背景、并购的过程和步骤、并购动因和结果;第三部分根据第二部分的并购的过程和步骤，对其中损害中小股东权益的现象进行了具体分析，包括定向增发和换股交易中大股东未公平对待中小股东、作为关联方的双方大股东未回避表决相关决议、相对其他A股上市银行经营业绩偏低的情况下高管层薪酬过高等;第四部分针对并购交易中损害中小股东权益的风险点，即关联交易、中小股东表决权和薪酬管理等方面提出改进建议;第五部分对全文作出总结。