犊牛腹泻是导致犊牛死亡的主要原因,严重影响牛群的健康生长和危害养牛业的经济效益。本文通过采集内蒙古地区牧场犊牛粪样,运用宏病毒组学技术,对犊牛腹泻病毒性病原体进行研究,获得犊牛粪样病毒谱,并针对牛纽布病毒（Bovine nebovirus,BNeV）和牛嵴病毒（Bovine kobuvirus,BKoV）分别建立Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法。宏病毒组学分析表明,本研究选取12个粪样核酸经高通量测序后共获得3239条contigs,其中有550条contigs被注释到病毒,分析发现,这些病毒序列可以划分为20个病毒科和67个病毒属。本研究发现的犊牛粪样中存在常见的致犊牛腹泻病毒,如牛轮状病毒、冠状病毒等,还发现了一些不常见的病毒,如牛诺如病毒、牛纽布病毒、牛嵴病毒等,并成功拼接得到2条纽布病毒、2条牛诺如病毒和1条牛嵴病毒全基因组序列。遗传分析显示,内蒙古地区牧场存在的牛诺如病毒毒株属于GⅢ.2型,牛纽布病毒毒株按Rd Rp基因属于NB-like型、按VP1基因属于基因1.1型,牛嵴病毒毒株属于谱系2。荧光定量RT-PCR检测方法结果表示,牛纽布病毒和牛嵴病毒最佳上下游引物浓度均为500 nmol/L和300 nmol/L,探针浓度均为400 nmol/L,在1×10~8～1×10~1copies/μL之间呈现良好的线性关系,线性相关系数分别为R~2=0.996和0.999,扩增效率分别为105.9%和103%;方法特异性较强,在多个犊牛腹泻相关病原中,只检测出牛纽布病毒或者牛嵴病毒;敏感性较高,对牛纽布病毒和牛嵴病毒质粒标准品最低检测下限均为1×10~1copies/μL,而普通PCR对牛纽布病毒和牛嵴病毒质粒标准品最低检测下限分别为1×10~3copies/μL和1×10~2copies/μL;重复性较好,组内变异系数和组间变异系数均小于3%。对2021年3-5月采自内蒙古地区不同牧场的37份犊牛粪样中牛纽布病毒和牛嵴病毒的检出率分别为35.1%和24.3%。通过标准曲线计算其病毒载量,其中腹泻粪样平均病毒载量分别为8.7×10~5copies/μL和3.7×10~5copies/μL。本研究初步了解了内蒙古地区部分牧场犊牛粪便中病毒谱,且建立的牛纽布病毒、牛嵴病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法的特异性强、稳定性好、灵敏度高,为牛纽布病毒和牛嵴病毒的检测和分子流行病学调查提供了有力的手段。