Brachyury基因单核苷酸位点突变检测方法的建立及蛋白结构分析

来源 :内蒙古农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:haiyunnihao
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呼伦贝尔短尾羊、巴尔虎羊、胡羊、寒羊、乌珠穆沁羊是分布在内蒙古地区的主要肉用绵羊,呼伦贝尔短尾骨羊因短尾成为区别其他品种羊独特的标志。我们通过对呼伦贝尔羊基因组重测序,确定了T/Brachyury基因的两个核苷酸位点突变是导致呼伦贝尔短尾骨羊的短尾特性原因,其中c.G334 T属于错义突变,而c.G333C属于同义突变。c.G334 T突变则会导致蛋白的T-box域中第112个氨基酸处的甘氨酸转化为色氨酸。这是否是呼伦贝尔短尾骨羊与巴尔虎羊、胡羊、寒羊、乌珠穆沁羊的T/Brachyury基因差异的标志,未见系统报道也未见对T/Brachyury基因突变前后蛋白质二级结构差异方面的研究。本实验首先通过观察尾部外形特征及尾椎骨数量观察5个类型羊尾部差异,然后建立T/Brachyury基因突变纯合子、杂合子、未突变的方法,并将这一方法初步应用与具体检测其它羊T/Brachyury基因型差异上。为鉴定呼伦贝尔短尾骨羊特征、呼伦贝尔羊肉朔源的应用奠定基础;此外研究突变前后蛋白质二级结构差异,为解释短尾机制奠定基础。根据以上背景,本试验分为以下几个部分。1.以呼伦贝尔羊短尾羊、巴尔虎羊、胡羊、寒羊、乌珠穆沁羊作为研究对象,对五种绵羊尾部形态、尾椎骨解剖结构研究,测定尾椎数量,并对T/Brachyury基因第二外显子第333位和334位基因型与尾部表型进行分析比对。研究结果发现:呼伦贝尔短尾羊尾椎骨的骨节无论是在数量上;还是在长度上均要小于巴尔虎羊、胡羊、寒羊、乌珠穆沁羊尾部表型正常的这四种内蒙古常见绵羊,而且出现了畸形尾椎骨。呼伦贝尔短尾骨羊、巴尔虎羊、胡羊、寒羊、乌珠穆沁羊各20只平均尾长与尾椎骨数量,平均尾椎骨数量分别为11.8、14、14.7、14.6、16。经血液基因组测序技术得呼伦贝尔短尾羊T/Brachyury第二外显子内第333和334位基因型为“CT/CT”纯合与“CT/GG”杂合现象的两种遗传基因型;巴尔虎羊、胡羊、寒羊、乌珠穆沁羊T/Brachyury基因第二外显子内第333位和334位基因型为“GG/GG”纯合。2.实验使用In-Fusion方法将以提取16d短尾骨羊与长尾骨羊胚胎RNA后反转录的c DNA扩增产物为目的片段,构建短尾骨羊与长尾骨羊His-BRACHYURY表达载体,重组BRACHYURY蛋白,通过圆二色谱分析与统计发现短尾骨羊与大尾骨羊BRACHYURY蛋白在190~260nm波长内的CD图谱具有一定的差异,且部分结构类型中所占比例也有所不同。3.成功建立了Taqman探针技术对内蒙古自治区常见的物种绵羊T/Brachyury基因c.G333C和c.G334T的Taq Man探针基因分型技术,所检测的结果与T/Brachyury基因DNA测序反馈结果完全一致。结论:只有呼伦贝尔短尾羊T/Brachyury第二外显子内第333和334位基因型为“CT/CT”纯合与“CT/GG”杂合现象的两种遗传基因型,巴尔虎羊、胡羊、寒羊、乌珠穆沁羊4种羊T/Brachyury不具备此特征;建立了Taqman探针技术可以用于该基因分型。T/Brachyury基因突变导致表达翻译水平蛋白二级结构变化明显。
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