在司法资源匮乏,刑事案件数量不断突增的时代,刑事司法制度走到一个十字路口,面临着公平与效率的抉择问题。于是,认罪认罚从宽制度应运而生,作为司法实践和诉讼制度发展的产物。认罪协商程序作为协商性司法的形式之一,以被告人认罪换取效率的提高,而整个程序需要一个主体在其中发挥主导作用,以推进程序进行。检察机关作为国家公诉人,承担着追诉犯罪、诉讼程序分流、法律监督的职能,决定了由检察机关主导程序的推进更适合。事实上,检察机关已经由一般程序的审前主导扩展到认罪协商程序中的全程主导。因此,应当正确认识何为检察机关在认罪认罚中的主导作用以及为什么能发挥主导作用。故此,本文拟就检察机关在认罪认罚中的主导作用的相关问题进行探讨。全文共分为五个部分,约42000字。本文第一部分,主要围绕检察机关在认罪认罚中承担主导作用的依据进行论述。要对审判程序的入口进行分流减负,就需要一个非审判者来主导程序分流。比较而言,检察机关在理论上和实践上都有主导程序分流的合理性与可能性。首先,就理论方面看,一是控审分离原则下使得检察官承担以及协商性司法的承担了公诉职能,有了参与程序的资格。二是协商性司法理论下,认罪认罚成为其形式之一。法院完整的审判已经不是唯一的纠纷解决程序,同时纠纷的解决更加注重被告人、被害人的参与,注重社会关系与被告人的社会回归问题,以及控辩协商、合作,为检察机关主导程序推进提供理论合理性。其次,从司法实践情况来看,一方面检察机关主导下通过在审判前做好量刑协商、具结书的签署等工作,减轻了法庭审判压力。还通过不起诉制度过滤掉部分案件,有利于快速降低案件积压数量。另一方面,就诉讼规律和域外实践来看,法院主导会面临更大的中立性质疑。法院的终局裁判角色,在审判前的协商中会使被告产生更大的压力。第二部分,对美国、法国、德国三个国家相应的认罪协商机制进行考察。美国辩诉交易和法德的认罪协商机制在适用条件上、适用过程中存在细微差别。其中美国检察官因其强大的自由裁量权,而拥有主导整个辩诉交易的地位和作用。美国检察官交易权力最大,可进行罪名、罪行与量刑的交易。同时是由检察官决定是否进行交易,交易的内容,法官不会介入其中,在之后的审判法官通常会同意或者拒绝控辩协商的结果,无法修改。不过,通常法官都会接受双方的协商结果。法国的庭前认罪程序,需要被告人明确表示认罪。检察官再提出量刑建议,但是被告没有协商的空间,只能提出自己的量刑建议,并对控方提出的表示同意与否。检察主导明显,但是协商同样体现合意性。德国在2009年将认罪协商合法化之前,法律上规定被协商主体是法官而非检察官。在司法实践中,都演变为控方主导下,控辩双方进行协商讨论。法官主导下其中立性会受到质疑,并且缺乏介入的资源条件。在面对司法资源的匮乏的时代难题下,各国的刑事司法制度都选择了将案件分流,形成检察机关主导认罪协商程序的推进,三个国家检察机关实际上都起着主导或者半主导的作用,从而使得司法资源用在其他非认罪认罚案件上。第三部分,论述认罪认罚中检察机关主导作用的五个具体体现。首先,体现在主导实质性认罪方面,由于侦查环节认罪仅仅是被记录,而不产生实质意义。法院也没有资源提前进入审查起诉和侦查阶段进行认罪的确认,因此实质性的认罪只能在检察环节展开。而且无论被告在哪一阶段认罪,法律上规定所认之罪均是检察机关起诉书指控之罪,承认指控的主要事实。其次,体现在量刑协商的展开,检察机关需要告知嫌疑人相关法律规定以保障嫌疑人的明知,为值班律师了解案件情况提供条件,听取被追诉人、律师（包括委托的与法律援助）以及被害人等对案件的看法,同时要进行书面记录。再次,体现在主导量刑建议的提出与具结书的签署。认罪案件的重点不仅是量刑协商,更重要的是有一个控辩双方协商的结果。检察机关负责量刑建议的提出,并且量刑结果对控辩审三方均有程序上的约束力。在此基础上签署具结书,具结书签署意味着被告认同程序程序的适用,并对量刑建议表示认可,对犯罪事实予以承认。复次,体现在程序分流上。程序分流中,通过认罪与否分流认罪案件与非认罪案件,将认罪案件多数工作在审判前完成。对认罪案件进一步区分是否适用速裁程序等快速审理程序,通过不起诉制度进行案件的过滤。最后,通过案件中协商性司法,体现宽严相济等刑事政策。第四部分,在上一部分主导作用具体体现的基础上,本部分总结了我国检察机关在认罪认罚中发挥主导作用面临的问题与背后的原因。最大的问题是控辩协商失衡,尽管该制度需要一个司法机关进行主导。但是检察机关由于长期强职权的“大追诉”思维,又具有天然的信息优势,另一边犯罪嫌疑人获得辩护或者援助的时间较晚,两方面的因素致使协商协商力量不均衡而缺乏合意性,最后也会引发对审判结果的不满而上诉。除去上诉因素外,对检察机关的主导作用与“以审判为中心”的关系缺乏全面的认识,以及对于检察机关的量刑建议与法院的裁判权的关系认识也影响着主导作用的发挥。最后,加上目前立法对于是否可以协商,如何协商都缺乏明确统一的规定,让辩方协商无法可依。第五部分,针对问题之后的诱因提出一些完善建议。首先,就控辩平衡来说,一边要加强辩方力量,一边要监督制约控方主导作用的发挥。从制度上,提高值班律师参与积极性和有效性,提前其介入的时间,并且通过探索国家与被告人共同承担值班援助费用的方式提高援助律师（包括值班律师）积极性,增强辩方力量。其次,立法明确可以协商以及协商的具体程序,直面协商或者交易,使得协商合法化与具体化,进而使得协商更公平公正。再次,从司法理念上,理清检察机关主导作用与“以审判为中心”的关系以及量刑建议权与裁判权的关系,两者都没有根本上的冲突,同时相比较于非认罪案件检察官更应恪守客观公正义务。最后,从程序操作方面,规范对合理量刑建议的采纳,同时完善对检察机关制度运行中权力行使的监督。