龟甲为龟科动物乌龟的背甲及腹甲，具有益肾强骨、养血补心、滋阴潜阳等功效；鳖甲为鳖科动物鳖的背甲，具有退热除蒸、滋阴潜阳、软坚散结的功效，二者均为临床常用动物类中药。近年来，由于民间用药差异、亲缘物种形态学特征相似等原因，出现了龟甲与鳖甲伪品在市面上流通的现象，影响了其临床用药的安全性与有效性。传统的性状鉴别较依赖于从业人员的专业经验，而理化鉴别则难以区分与正品极为相似的伪品或掺伪品。另一方面，由于成药制剂种类繁多，其中含多种中药饮片，且各成份入药形式多样，导致中成药鉴定的难度很大。
　　本论文根据乌龟、中华鳖及其伪品的线粒体基因组序列设计了特异性引物，并建立了龟甲与鳖甲的DNA分子鉴定技术，包括常规PCR和多重PCR技术，用于鉴定龟甲与鳖甲药材、生品及中成药小儿肺咳颗粒中鳖甲的真伪。本论文的研究对于保障临床用药的安全性与有效性具有重要的应用价值；同时亦可为中成药中动物药成份的真伪鉴定开辟新的途径。主要研究内容如下：
　　(1)基于龟鳖目五个物种的全基因组序列设计并筛选出五对特异性引物，并通过调整退火温度和引物浓度确定了扩增条件，然后考察了特异性、灵敏度与适用范围。
　　结果表明，乌龟、中华鳖及其常见三种伪品的DNA经扩增后分别在211bp、183bp、171bp、105bp和233bp处可见清晰条带，且无非特异性条带产生，各物种DNA的检测灵敏度均为1.0ng/μL，表明该方法特异性良好、灵敏度较高。在各物种DNA的扩增产物位置处均可观察到各相应自制药材与生品的扩增条带，表明所建立的常规PCR技术可用于检测龟甲、鳖甲药材及生品。此后，检测了40批市售龟甲、鳖甲药材及生品，其中38批被鉴定为正品，2批为伪品。
　　(2)首先分别建立了三重PCR用于鉴定龟甲以及二重PCR用于鉴定鳖甲；优化扩增条件后考察了特异性、灵敏度及适用范围，最终应用于检测市售龟甲与鳖甲。
　　结果表明，三重PCR与二重PCR具有良好的特异性和较高的灵敏度，且可用于检测龟甲与鳖甲药材与生品及其掺伪品。随后，建立了五重PCR方法用于同时鉴定龟甲与鳖甲；先优化了dNTPs、MgCl2、Taq酶等试剂浓度并确定扩增条件；然后考察了特异性、灵敏度及适用范围。
　　结果表明，在最适PCR条件下，各物种的DNA经扩增后可在同一凝胶泳道上观察到五条明亮的条带，且未观察到交叉反应；检测灵敏度可低至1.0ng/μL，且检测掺伪品时，各比例的物种均可被检出；以上结果表明，本方法具有良好的特异性和较高的灵敏度。此外，在各物种DNA的目的产物位置处均可观察到各相应自制药材与生品的扩增条带，表明所建立的五重PCR技术可用于检测龟甲、鳖甲药材及生品。最后，检测了40批市售龟甲、鳖甲药材及生品，其中38批被鉴定为正品，2批为伪品。
　　(3)首先自制了小儿肺咳颗粒的正品、伪品及阴性制剂，并比较了三种不同的DNA提取纯化方法；然后优化了PCR扩增的循环数和退火温度，并在最优条件下考察了特异性与灵敏度。
　　结果表明，在三种DNA提取方法中，使用甲醇预沉淀与CTAB结合法提取的DNA浓度及纯度较高。在最优PCR条件下，自制阴性扩增后无条带产生；自制正品、自制伪品经扩增后分别在183bp和95bp处有明亮的条带，且无非特异性条带产生；引物PP2与PA3的检测灵敏度分别低至0.10ng/μL、0.010ng/μL;以上结果表明，本方法具有良好的特异性和较高的灵敏度。最终，将所建立的技术应用于检测市售小儿肺咳颗粒，10批中4批检出中华鳖DNA，且未检出佛罗里达鳖DNA，表明其含有的鳖甲为正品；另外6批则两种DNA均未检出。