背景:乳腺癌是一种高度异质性的恶性疾病,具有各种功能表型。2020年全球癌症统计报告显示乳腺癌在全球癌症发病率中位居第一,也是癌症死亡的第五大原因。三阴性乳腺癌（TNBC）属于乳腺癌的一种亚型,约占乳腺癌发病率的10%-20%,缺乏雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体2（HER2）的表达,是最具侵袭性和致命性的乳腺癌亚型,具有预后不良、复发率高、总生存率差和没有明确的分子靶向治疗的特征。缺乏靶向治疗是TNBC患者精确治疗的主要问题。蛋白质组分析有助于寻找疾病的诊断标志物、筛选药物靶点,因此针对三阴性乳腺癌的蛋白质组研究对三阴性乳腺癌的精准诊疗具有非常重要的意义。目的:本研究旨在通过基于质谱的蛋白质组学技术探索三阴性乳腺癌与Luminal亚型、HER2过表达型之间的差异蛋白及其在乳腺癌发生发展中的作用,为三阴性乳腺癌的诊疗方案提供新的理论依据。材料和方法:1.根据免疫组化和荧光原位杂交结果将乳腺癌组织样本分为luminal亚型、HER2过表达型、三阴性（TN亚型）乳腺癌三组,提取每个组织样本的蛋白质,经胰蛋白酶酶解后利用高PH反向HPLC（高效液相色谱）分级,采取非标记定量蛋白质组学方法进行蛋白质测定,然后进行数据库搜库;2.使用两独立样本t检验进行两组间差异分析获取差异表达蛋白,最后将TN亚型乳腺癌相比Luminal亚型、TN亚型相比HER2亚型的差异蛋白取交集获得三阴性乳腺癌特异性蛋白;3.利用生物信息学分析（GO、KEGG等）对差异蛋白进行基因功能注释并其探究生物学通路的改变;4.通过蛋白质互作网络筛选核心蛋白,结合文献调研,挑选出可能与三阴性乳腺癌恶性行为紧密相关的差异蛋白质。结果:1.TN亚型与Luminal亚型相比,在|Log2FC|＞1和p＜0.05条件的限制下,一共鉴定出了 830个差异蛋白,其中687种在TN亚型中表达上调,143种蛋白表达下调。其中明显上调蛋白有RAB3IP、IL18R1、S100A1、ACVR1B、SYBU、IGF2BP3、UNC119、MREG、PROCR、PCDHGA12、NCAN、IFI44L 等,明显下调蛋白有WT1、TSTD1、WBP1L、SPP1、EXOSC2等。上调蛋白通路富集结果显示在内质网蛋白质加工过程最为显著,下调蛋白质通路主要富集到细胞外基质受体的相互作用等。核心蛋白质筛选结果包括细胞肿瘤抗原P53（TP53）、60S 核糖体蛋白（RPL9、RPL27、RPL30、RPL37A、RPL38）、40S 核糖体蛋白（RPS5、RPS20）、39S 核糖体蛋白（MRPL4）、细胞色素（CYCS、CYC1、UQCRQ）、复制因子C亚基4（RFC4）、核微小核糖核蛋白成分（EFTUD2、SNRPG）、ATP 合成酶亚基（ATP5D）。2.TN亚型与HER2过表达型相比,一共鉴定出了 412个差异蛋白并对其进行功能注释,其中50种在TN亚型中表达上调,362种蛋白表达下调。上调蛋白富集到志贺菌病、凋亡通路,下调蛋白主要富集到脂类的代谢通路。核心蛋白质主要包括DDB1和CUL4相关因子13（DCAF13）、核糖体生物发生因子（WDR75）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src（SRC）、连接斑蛋白（JUP）、微管蛋白alpha-1B链（TUBA1B）、蛋白ECT2（ECT2）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（MELK）、睾丸纺锤体相关蛋白（SHCBP1L）、衔接蛋白（SPDL1）、核糖体蛋白（RPL23L、MRPS34、MRPL20、MRPL17、RPS25）。3.TN亚型与Luminal亚型、TN亚型与HER2过表达型的差异表达蛋白取交集,得到124个差异蛋白,上调蛋白109种,下调蛋白15种。差异表达蛋白质富集到Parkin泛素化蛋白酶体通路、氧化还原酶活性的正调控、HSF1依赖的反式激活、吞噬体成熟过程等过程。核心差异蛋白为分子伴侣蛋白（HSPA8）、肌动蛋白丝结合蛋白（VCL）、α-晶状体蛋白B链（CRYAB）、DDB1和CUL4相关因子13（DCAF13）、钙结合蛋白（S100A1）、核糖体生物发生因子（WDR75）、微管蛋白（TUBA1B、TUBB2B）、α-突触核蛋白（SNCA）。结论:1.TN亚型相比Luminal亚型乳腺癌上调蛋白在内质网蛋白质加工通路上显著富集,可能与肿瘤细胞不受控制地快速增殖相关。明显上调蛋白RAB3IP、S100A1、IGF2BP3、UNC119、MREG、PROCR可能与乳腺癌的增殖和转移相关。2.TN亚型相比HER2过表达型乳腺癌上调蛋白在凋亡、抗原的加工和提呈通路上富集,可能参与细胞衰老、逃避免疫清除过程。明显上调蛋白RGN、IL18R1、PDE2A、MREG、ALDH3A1、VDR、UNC119可能参与乳腺癌的发生发展过程。3.TN亚型相比Luminal、HER2过表达型乳腺癌差异蛋白在Paikin-泛素化蛋白酶体通路上显著富集,且上调蛋白明显多于下调蛋白,可能与乳腺癌某些重要蛋白的降解过程有关。核心差异蛋白中HSPA8、VCL、CRYAB、DCAF13、S100A1、WDR75、TUBB2B可能参与乳腺癌的发生发展过程相关。