单细胞层面解析急性髓系白血病亚型特异性转录因子调控网络异常

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zsdxzj
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
研究目的:急性髓系白血病(Acute myeloid leukemia,AML)是一组高度异质性的恶性血液系统疾病,源于骨髓内恶性造血前体细胞的克隆性扩增。多种细胞遗传学和分子遗传学异常可影响信号通路、转录和表观遗传调节因子,引起造血细胞的转录程序失调,诱导AML的发生。目前,具有不同肿瘤细胞类型组成的AML亚型的转录因子(Transcription factor,TF)调控网络尚未在单细胞分辨率下阐明。因此,在现有测序数据的基础上,我们期望在单细胞层面识别具有不同肿瘤细胞组成的AML亚型的转录调控网络(transcriptional regulatory networks,TRNs)特征和相关机制,并进一步揭示肿瘤细胞潜在特性和异常表达的关键调节因子。从TFs的角度出发,描绘AML的调控动态和多样性,从而为后续AML治疗靶点的寻找和预后的判断提供新的思路和机会。研究方法:本研究使用生物信息方法,分析了来自AML和健康供者的单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)数据。接下来我们通过无监督聚类,根据患者的肿瘤细胞组成进行分类,定义了三种不同的AML亚型,以全面描绘不同AML亚型特异的TRNs,并进一步探究AML细胞的潜在特性和异常激活的关键TFs。最后,根据分析结果,我们进行了斑马鱼胚胎中ERF的功能获得和缺失实验,以验证ERF对造血功能的影响,推测其在AML发生过程中的作用。研究结果:我们首先定义了在所有AML患者中存在异常的六个转录调控模块。值得注意的是,AML细胞中与癌症转录失调模块相关的TFs被高度激活,包括RUNX1、HOXA9和PBX3等,这些TFs对AML的进展至关重要。接下来,我们进一步揭示了不同AML亚型特异的转录调控网络。具体而言,以原始肿瘤细胞为主导的AML亚型在TFs层面出现细胞周期和细胞分化阻滞,与原始肿瘤细胞的造血分化受阻相一致。相比之下,以分化肿瘤细胞为主导的AML亚型表现出免疫调节功能异常,提示其在转录调控层面的免疫抑制作用。此外,我们发现具有多种肿瘤细胞类型的患者,他们的原始AML细胞分化能力增强,这一现象可能赋予其进行造血分化的特征。最后,通过斑马鱼胚胎中ERF的敲低和过表达实验,我们验证了 ERF 对于造血干/祖细胞(hematopoietic stem/progenitor cells,HSPCs)发育的重要性。ERF的异常激活可促进HSPCs数量的扩增,并可能诱导患者出现以原始肿瘤细胞为主导的AML。研究结论:总的来说,我们的工作充分探究了 AML中TFs调控网络的异常,并揭示了 AML亚型特异性TRNs失调的分子基础,为解析AML发病机制和寻找潜在诊断/治疗靶点提供了新的视角。
其他文献
<正> 脑器质性精神病与脑外躯体疾病伴发的精神障碍这两类疾病,均是在各种有害因素作用下,引起人体组织或器官结构发生改变而产生的精神障碍。换言之,这些疾病均有器质性变化的基础。因此,这两类疾病在病因、发病机理和临床表现等方面都与功能性精神病有明显的区别。
期刊
目的 系统评价基于“互联网+”的护理干预对癌症患者疼痛的干预效果并探索最佳的干预形式。方法 计算机检索PubMed、Embase、Web of Science、Cochrane Library、中国知网、维普数据库、万方数据库和中国生物医学文献数据库中关于基于“互联网+”的护理干预对癌症患者疼痛效果的随机对照试验,检索时限为建库至2022年5月。由2名研究者独立进行文献筛选、资料提取、文献质量评价
期刊
目的:长链非编码RNA(lncRNA)是包括细胞增殖在内的许多细胞过程的重要调节因子。虽然已有研究表明多种lncRNA在造血系统恶性肿瘤的发生发展过程中发挥重要作用,但是缺少一个更全面和无偏倚的方法以筛选出可能成为白血病临床治疗靶点的 lncRNA。方法:我们试图运用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选白血病细胞系增殖相关lncRNA。我们首先确定质粒文库包装成慢病毒文库后病毒感染细胞的适宜条件;
学位
背景:散发性帕金森病(sporadic Parkinson’s disease,sPD)的发病机制未明(以下统称为PD),尚无有效的根治措施。PD的主要病理学表现为α-syn及其聚集体如路易小体(Lewybodies,LBs)在脑内的沉积。近些年的研究发现α-syn/LBs具有朊蛋白样特性,在PD的发病中起着不可忽视的作用。同时,PD病人与啮齿类动物模型出现分子伴侣介导的自噬(Chaperone-
学位
HIV病毒潜伏库的持续存在是艾滋病治愈的一大障碍。抗逆转录病毒治疗(Antiretroviral therapy,ART)可以控制HIV-1的复制,但不能完全清除长期存在的病毒潜伏库;一旦停药后,病毒会卷土重来,因此患者必须终身服药。“shockand kill”策略是目前基于ART的HIV功能性治愈策略之一,其利用潜伏感染激活剂(latency-reversingagent,LRA)激活潜伏库病
学位
CRISPR-Cas9基因编辑技术在临床治疗中具有巨大的应用潜力,为了确保其在临床应用中的安全性与可靠性,研究人员需要对CIRPSR-Cas9系统基因编辑的预期结果和非预期后果进行全面评估。目前,大多数基因编辑结果检测流程多是基于第二代测序(NGS)技术来检测的,可是第二代测序技术由于自身读长的限制,不适用于检测大片段插入或删除。新兴的第三代测序技术(3GS)很好的弥补了 NGS测序读长短的缺点,
学位
目的 探讨胸骨骨髓细胞形态学在基于髂骨穿刺骨髓细胞形态学和骨髓活检组织切片细胞形态学表现为获得性低增生性骨髓衰竭综合征(BMFS)且染色体核型正常患者的诊断价值,并建立推荐该类患者进行胸骨骨髓细胞形态学检查的预测积分系统。方法回顾性分析2014年6月至2019年1月于中国医学科学院血液病医院初次就诊的194例基于髂骨骨髓细胞形态学和髂骨骨髓活检组织切片病理学诊断为获得性低增生性BMFS患者的临床资
学位
[研究背景]急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是一种常见的血液系统恶性疾病,很多患者具有特定染色体异常,其中t(8;21)较为常见。AML在遗传学方面具有高度异质性,遗传学的异常对AML预后判断具有重要作用,可以影响AML的预后分层。既往国内外也有很多对于伴t(8;21)的患者遗传学特点的研究,但由于受到样本数量相对较少、或者检测基因数目较少的限制,研究结论不尽
学位
背景:tRNA天冬氨酸甲基转移酶 1(tRNA aspartic acid methyltransferase 1,TRDMT1),属于 DNA 甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMTs)家族成员。TRDMT1对于DNA的甲基化作用存在争议,目前认为其在特定tRNA的C38位发挥甲基化作用。炎症是由应激引发的防御性反应,是一个复杂的生理病理过程,但其中的机制尚不明晰。而T
学位
数字经济发展为居民优化消费结构、释放居民消费潜力提供了基础支撑,成为推动地区消费增长的新引擎。探讨数字经济对居民消费结构优化升级的影响,可以为优化城镇居民消费结构等提供重要实践指导。本文基于2011-2020年省级面板数据,分别从整体、消费类别与区域异质性三个方面考察数字经济对居民消费结构优化升级的促进效应。结果表明:数字经济能显著促进我国居民消费结构优化升级;数字经济对居民消费结构优化升级的影响
期刊