具有蒙阴特色的沂蒙长毛兔是蒙阴县与山东农业大学经过九年时间合作培育而成的一个新品系,具有体型大和产毛量高的优点。基因组选择是一种利用全基因组范围内的遗传标记估计畜禽育种值的遗传育种技术。本研究以沂蒙长毛兔为研究对象,探索利用全基因组测序数据进行基因组选择的可行性。使用DMU软件以基因组最佳线性无偏预测模型为基础展开研究,研究内容主要包括两部分:估计长毛兔在70、140和210日龄时,剪毛前体重、产毛量、细毛直径、细毛直径变异系数、绒毛长、粗毛长和粗毛率等7个产毛性状的遗传参数;采用10折交叉验证评估不同因素对基因组预测准确性的影响。主要研究结果如下:（1）遗传参数估计利用平均信息-约束性最大似然法,估计了基于单性状模型估计7个产毛性状在3个不同日龄的遗传力,其遗传力范围为0.00002～0.3664,其中一半性状为中高遗传力水平（大于0.1）。根据不同密度标记数据集所估计的各性状遗传力,大多数性状使用5K的标记数据集估计的遗传力偏低。利用两性状模型估计了相同日龄两个不同性状之间的遗传相关,其中有15组为高遗传相关（大于0.6）。利用三性状模型估计不同日龄相同性状之间的遗传相关,结果表明,剪毛前体重、细毛直径和粗毛率各组三个日龄相互之间的遗传相关均为正相关,遗传相关在0.2548到0.9999之间,细毛直径变异系数、粗毛长、绒毛长和产毛量3个日龄间的遗传相关正负都有,正遗传相关在0.2088到1之间,负遗传相关在-0.0244到-1之间。（2）基因组预测准确性的影响因素对本研究测序数据（18.5M）通过连锁不平衡质量控制,得到含有5K、10K、50K、100K、502K、1M和2M单核苷酸多态性标记的数据集,基于单性状模型使用不同标记密度数据集构建的基因组关系矩阵,对629只长毛兔各性状进行基因组预测分析,结果表明:各密度数据集之间估计的基因组预测准确性有一定波动。测序数据通过随机抽取SNPs得到含有500、5K、10K、50K、100K、502K、1M和2M单核苷酸多态性标记的数据集,基于单性状模型使用不同标记密度数据集构建基因组关系矩阵,对629只长毛兔各性状进行基因组预测分析,结果表明:当标记密度从500增加到5K时,大多数性状基因组预测准确性都提高了,但当标记密度再增加时,基因组预测准确性基本无增长趋势。5K、10K、50K、100K、502K、1M和2M数据集之间基因组预测准确性波动很小,趋势平稳。使用单性状模型对遗传力水平不同的性状进行基因组预测,大部分性状呈现遗传力越高的性状其基因组预测准确性也越高的趋势。使用单性状模型、两性状模型（同一日龄两性状）和三性状模型（同一性状3个不同日龄）对各性状进行基因组预测准确性分析。结果显示,大部分性状两性状模型和三性状预测准确性均高于单性状模型。