现阶段我国农民工总数约在2.1亿人左右，他们经常往返于农村与城市之间，随着全国统一的劳动力市场逐步形成，流动会愈加频繁。疾病是农民工外出最担心的事，就制度安排来说，农民工完全可以参加城镇职工基本医疗保险或农民工大病医疗保险或新型农村合作医疗三种医疗保险制度中的任何一种，似乎农民工应该无医疗保障之忧。本文从农民工医疗保障的现状出发，对农民工参加上述三种医疗保险制度进行了利弊分析，找到农民工参加城镇职工基本医疗保险或者新型农村合作医疗的现实基础，更倾向于参加新型农村合作医疗，从机构建设、约束机制、服务能力、信息共享、基金结余五个层面挖掘二者衔接的必要性、可能性和可操作性，最后论述了只有统一医疗保险经办管理，才能根本地解决农民工的医疗保障问题，为分步实现城乡一体化的医疗保障制度奠定基础，从而也为农民工选择医疗保险制度时提供一些思路。