海洋在地球上分布广阔，地形复杂多样，其中蕴含着丰富的微生物资源。海洋微生物具有极强的环境适应性，在海洋环中的能量传递及化学循环中具有重要的作用。针对海洋微生物的研究，有助于进一步探索微生物的起源、进化、适应机制，并对海洋资源的开发与利用奠定基础。　　本文选取深海及近海两个典型生境的样品进行微生物研究，分析了深海沉积物的微生物多样性，针对近海分离的海藻微生物进行多相分类学鉴定。　　首先，采用可培养的方法对沉积物样品进行富集培养，共获得86株细菌纯培养物。获得的菌株包括4个类群，分属于16个属，其中有两株细菌菌株16SrRNA基因比对相似性较低，可能为新的物种。另外，采用非培养的方法针对样品构建16S rRNA基因文库，建立两个古菌和两个细菌文库。古菌文库共得到195个克隆，其中文库A1具有27个OTU，文库A5有47个OTU，属于广古菌和泉古菌两大类群。细菌文库一共获得530个有效克隆，文库B1含有132个OTU，文库B5含有101个OTU。两个样品的细菌群落都以变形菌纲、浮霉菌门及绿弯菌门为优势种群。　　其次，采用多相分类学的研究方法对两株分离自我国近海舟山海域浮游海藻的细菌菌株进行了分类鉴定。根据菌株表型特征、生理生化特征、化学分类特征及遗传特征分析，菌株8-1bT代表了黄杆菌科的一个新种(Aequorivita viscosa)，而菌株CF17T代表了α-变形菌纲的一个新种（Gemmobacter megaterium）。研究结果丰富了我国东海海藻微生物的物种资源库。