目的:研究高山药用植物粗茎秦艽Gentiana crassicaulis Duthieex Burk.种内遗传多样性,探讨它们之间的系统发育关系,为该物种种质资源保护及药材道地性研究等提供分子生物学证据。方法:应用 AFLP（amplified fragment length polymorphism,扩增片段长度多态性）技术,以同属近缘种麻花艽G.straminea及近缘属植物椭圆叶花锚Halenia elliptica为外类群,对来自不同产地20个居群163份粗茎秦艽样品进行遗传多样性分析。对获得的DNA指纹图谱进行人工读带,得到“0,1”矩阵,使用POPGENE 1.32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、有效等位基因数、Shannon信息指数等指标,同时使用NTSYS进行UPGMA聚类分析,对粗茎秦艽种质资源进行分类。利用GenAlEx软件进行主成分分析（PCA）和分子方差分析（AMOVA）、Mantel检验以及空间自相关分析。利用SPSS 22进行皮尔逊相关分析。评价遗传多样性与海拔、纬度和经度的相关性,通过相关分析探讨了遗传多样性与地理因素的关系。结果:从64对引物中筛选出12对进行选择性扩增,读带得到315个条带,其中多态性条带254条,占比为80.63%。粗茎秦艽种内遗传多样性丰富,遗传变异主要存在于居群间（87%）,居群内部遗传变异较小（13%）。居群间的等位基因数（Na）为1.7270,有效等位基因数（Ne）为1.3150,Nei’s（1973）基因多样性（H）为0.1899,Shannon信息指数（Im）为0.2927、基因流（Nn）为0.0719,居群总变异系数（Ht）为0.1853,居群间遗传分化系数（Gst）为0.8743。UPGMA聚类树物种间拓扑结构与经典分类学观点相一致;物种内分为两大支:支Ⅰ由西藏、甘肃、青海及四川各居群组成,支Ⅱ由贵州及云南各居群组成。PCA及Mantel检验等均表明粗茎秦艽居群间遗传距离与空间地理距离具有显著的正相关关系。同时,结合SSR与SNP标记,探讨了四川康定县居群S1的遗传分化问题。皮尔逊相关分析表明,粗茎秦艽居群的遗传多样性随纬度和海拔的升高而显著降低。结论:高山药用植物粗茎秦艽种内具有一定遗传多样性,且居群间遗传多样性大于居群内遗传多样性。居群间遗传距离与空间地理距离具有显著的正相关关系,居群的遗传多样性与地理因素有一定相关性。