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随着测序技术的快速发展,测序质量与通量不断提高,成本迅速下降,转录组学研究进入了黄金发展时期。为了更进一步地了解非模式生物,本文基于最新数据库与高被引工具构建了一套转录组分析流程,并利用此流程分析了实验室4个棉铃虫Helicoverpa armigera抗性品系与1种敏感品系的差异表达基因。研究的主要结果如下:1.5个品系的测序数据结果均得到2000万以上的reads,平均74亿bp的转录组数据,过滤后碱基质量均达到Q30以上。2.使用5种方法对Trinity拼接得到的234808条转录本进行质量检测,N50为928bp,Bowtie2回贴比对率均在98%以上,Ex90N50为2042bp,BUSCO检测到95%的昆虫保守基因。蛋白库Nr、Uniprot、Pfam比对的结果中Diamond优于Blast。Nr库比对结果有47%的转录本序列比对到棉铃虫,21%比对到烟草夜蛾,还比对到了家蚕、斜纹夜蛾、二化螟等鳞翅目昆虫。3.组内生物学重复Pearson相关系数接近0.9,组间聚类与PCA分析均各自聚在一起,无批次效应。4.使用DESeq2和edgeR软件分别对Salmon、RSEM得到的表达矩阵进行差异分析,结果edgeR与Salmon的组合得到差异表达基因数量最多。5.DU品系共得到1156个差异表达转录本,397个可以对应到RefSeq ID,GO分析有5个基因与氨肽酶活性有关,12个基因影响蛋白酶活性,2个基因相应抗菌免疫过程;KEGG分析有10个基因参与了肽酶通路。6.LFC2品系共得到995个差异表达转录本,268个可以对应到RefSeq ID,GO分析有4个基因与蛋白激酶抑制剂活性有关,6个基因影响跨膜转运蛋白活性,3个基因与蛋白酶体变化有关;KEGG分析有5个基因在蛋白酶激活受体信号通路发挥作用,3个基因参与了蛋白酶体通路。7.XXCAD品系共得到982个差异表达转录本,278个可以对应到RefSeq ID,GO分析有8个基因与前体代谢物的产生有关,3个基因与蛋白酶体有关,3个基因与糖基转移酶有关;KEGG分析有6个基因富集在细胞色素P450代谢通路和药物代谢通路。8.RS品系共得到1201个差异表达转录本,281个可以对应到RefSeq ID,GO分析有15个基因与ATP代谢过程相关,12个基因可以调节ATP的活性,有7个基因与前体代谢物的产生相关,2个基因参与胆固醇运输途径,3个基因参与脂肪转运途径,12个基因与核苷酸代谢途径相关;KEGG分析有2个基因富集到糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白通路,2个基因富集到蛋白酶体通路,9个基因富集到肽酶通路。