基于16S rDNA基因测序技术分析不同体长斑马鱼的肠道菌群结构差异

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背景:肠道菌群是定植于胃肠道的复杂微生物群落,与人体诸多系统疾病的发生发展密切相关[1]。近年来的研究发现,肠道菌群可通过多种途径调节破骨细胞和成骨细胞的相对活性,影响骨代谢与生长[2]。包括产生自身代谢产物、改变宿主营养代谢水平,以及调节黏膜和免疫应答系统等途径,但其具体机制目前仍不明确。斑马鱼与人类基因高度同源,同时斑马鱼还具有与人类基因、骨骼具有高相似度,胚胎透明且发育迅速;与传统鼠、兔哺乳动物相比具有繁殖快、周期短、成本低、生物安全性高、药物筛选高通量等无可比拟的优势[3],已广泛应用于骨质疏松[4]、骨关节炎[5]、骨肿瘤[6]等相关疾病及治疗药物的研究当中。因此,更好的了解肠道菌群结构和功能变化将有助于我们寻找新的生物标志物并了解肠道菌群与骨量之间的相互作用。目的:本研究基于16S rDNA测序技术,通过分析比对不同体长斑马鱼肠道菌群的结构及丰度的变化,为探究肠道菌群与骨骼发育之间的相互关系及机制研究提供新的思路。方法:将同一亲代、相同喂养条件下的3月和6月龄子代斑马鱼,统一测量体长后,按体长分为长组和短组。分别取各长组及短组斑马鱼肠道组织,采用16S r DNA序列分析技术检测斑马鱼肠道菌群构成,分析比较不同体长斑马鱼肠道菌群多样性和丰度差异。结果:1.Alpha多样性分析结果显示,与3月龄体长短组比较,长组菌群丰度和多样性明显增多;2.Beta多样性分析结果显示不同体长组肠道菌群具有明显的分群;6月龄优势菌门中,前6种优势菌门在雄性长组与短组组间差异无统计学意义;变形杆菌门和梭杆菌门在雌性长组与短组组间差异显著;3.线性判别分析结果显示,不同月龄体长长组与短组分别富集7个菌门群落和3个菌门群落;不同月龄长组与短组分别丰富13个菌属群落和7个菌属群落。结论:斑马鱼体长与肠道菌群多样性密切相关,调节肠道菌群的结构及丰度可能是促进骨骼生长的有效途径。
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