自主创新系统是一个集引进、集成、原始三种创新模式于一体的多投入与多产出的网络层级结构,这不但界定了“自主创新”的囊括范围,更界定了企业创新系统的复杂性和多样性。复杂性和多样性给企业对自身创新系统的认识和分析造成了难度,投入和产出的网络化与层次化,更要求了企业建立客观、准确并能及时反映自主创新系统质量的评价体系。　　本文是一篇综述与实证研究相结合的文章,主要通过对企业自主创新系统评价体系进行梳理和综述,将创新系统评价体系的发展过程与创新理论的发展过程结合起来,并在此基础上,详细分析了网络层次分析法、数据包络分析法与因子分析法,提出对三种评价方法的评价和实用性。从而,在理论基础之上,选取医药行业企业数据,运用因子分析法与网络层次分析法对样本企业自主创新系统进行定量评价与排序,进而针对其中所蕴含的经验教训进行总结,力争提炼出较为合理的评价方法以对企业自主创新能力的提升提供有益的建议。