免疫微环境相关基因图谱预测弥漫性大B细胞淋巴瘤的免疫化疗反应及预后

来源 :南方医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:peggy721
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研究背景和目的弥漫性大B细胞淋巴瘤(Diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)是非霍奇金淋巴瘤中最常见的亚型。目前,以利妥昔单抗为基础的R-CHOP免疫化疗方案是DLBCL的标准一线治疗方案,该方案可使超过50%的晚期DLBCL患者达到临床治愈。然而,仍有约三分之一的患者对R-CHOP方案耐药或完全缓解后复发。对于耐药或复发的患者,二线治疗方案总体有效率低。越来越多的研究表明,肿瘤微环境在DLBCL的发生、发展和对药物的反应性中起着重要作用。本研究旨在利用公共数据库的基因表达谱数据,探索肿瘤免疫微环境对R-CHOP免疫化疗应答及预后的影响,并挖掘一系列关键基因,探讨这些基因作为预后评估的生物学标志物及潜在治疗靶点的可能性。研究方法从GEO数据库选取GSE31312作为训练集的研究对象,下载该数据集的基因表达谱数据和临床信息,分析这些患者的基线临床资料。治疗反应为完全缓解(Complete remission,CR)及部分缓解(Partial remission,PR)的病人被定义为免疫化疗应答者,疾病稳定(Stable disease,SD)和疾病进展(Progressive disease,PD)的病人则被定义为无应答者。利用CIBERSORT算法量化DLBCL肿瘤组织的22种免疫细胞的比例,识别出应答者及无应答者间差异浸润的免疫细胞。对应答者和无应答者差异表达基因进行加权基因共表达网络分析,构建基因共表达模块,计算模块与免疫细胞的相关系数,选取与目的免疫细胞相关程度最高的模块作为关键模块。对关键模块进行功能富集分析,并利用STRING在线数据库对关键模块构建蛋白质互作网络,识别出连接网络的枢纽基因。对这些基因进行生存分析,鉴定有预后意义的关键基因,并分析这些基因与临床特征及程序性死亡受体-1(Programmed cell death protein 1,PD1)的关系。此外,利用南方医科大学南方医院的DLBCL病人队列作为验证集,对我们的分析结果加以验证。研究结果1、R-CHOP标准治疗的完全缓解率为75.4%,部分缓解率为15.3%,总应答率为90.7%,无应答率仅为9.3%。与应答组相比,无应答组ECOG体能评分更差(P=0.018),肿瘤分期以晚期为主(P<0.001),血清LDH水平多为正常(P=0.015),IPI 评分更高(P=0.004),存活率低(P<0.001)。2、活化记忆性CD4+T细胞(P=0.026)和γδT细胞(P=0.001)在应答者的细胞丰度明显高于无应答者。随着治疗效果恶化,这两种细胞的比例逐渐降低。3、GO富集分析显示,关键模块的基因所编码的蛋白多定位于膜上,与上下游分子结合,参与免疫激活过程。KEGG通路富集结果显示,关键模块的基因主要参与病毒感染、NOD样受体信号通路、T细胞受体信号通路、PD-1/PDL1免疫检查点通路等。4、CD3G(P<0.001)、CD3D(P=0.036)、GNB4(P=0.019)、FCHO2(P<0.001)、GPR183(P=0.002)的高表达与DLBCL患者的总生存时间呈正相关。不同亚型组的生存分析表明,CD3G(P=0.001)、FCHO2(P=0.019)及GPR183(P=0.018)在 GCB 亚型有预后意义,FCHO2(P=0.012)及 GPR183(P=0.002)在non-GCB亚型有预后意义。5、CD3G(P=0.005)、CD3D(P=0.0023)和 GPR183(P=0.0008)的表达水平随着治疗效果变差逐渐降低。而GNB4和FCHO2在不同疗效组间的表达水平未达统计学差异。但GNB4及FCHO2在应答组的表达水平明显高于无应答组(P<0.05)。GNB4(P=0.002)和 GPR183(P=3e-05)在 non-GCB 亚型的表达水平明显高于GCB亚型。6、CD3G、CD3D、GNB4、FCHO2、GPR183 均与 PD1 呈负相关。7、本院的验证队列表明,初诊时肿瘤组织CD3阳性的患者免疫化疗应答率明显高于CD3阴性患者(P=0.006)。结论1、活化记忆性CD4+T细胞和γδ T细胞与DLBCL良好的免疫化疗反应密切相关,宿主肿瘤组织的基线免疫状态影响免疫化疗反应。2、CD3G、CD3D、GNB4、FCHO2、GPR183参与DLBCL免疫微环境的调控,它们可作为预测DLBCL免疫化疗反应的生物标志物。3、CD3分子作为衡量肿瘤浸润T细胞水平的标志,可预测DLBCL患者的免疫化疗反应。
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