藏东南杜鹃花属（Rhododendron）植物资源丰富,具有较高的园林应用价值,也是优良的野生种质资源。藏东南地区因为地理环境复杂,该地杜鹃花属植物面临野生资源不清楚,研究基础薄弱,基础数据较少等情况。针对这一问题,本研究在藏东南野生杜鹃花属植物调查的基础上,使用层次分析法和SSR分子标记筛选出观赏价值和遗传多样性高的杜鹃花种类,以及对杜鹃花居群的遗传结构进行初步探究,得出结果如下:（1）本次调查共发现37种杜鹃（包括1亚种5变种）,其中常绿杜鹃亚属有11亚组共19种（包括1亚种4变种）,杜鹃亚属有1组10亚组共17种（包括1变种）,糙叶杜鹃亚属仅有1组1种。水平分布上,以林芝市察隅县分布的资源种类最多,波密县最少;垂直分布上以3000～4000m海拔范围分布的资源种类最多,2000～3000m海拔范围最少。野生杜鹃花在群落结构、分布形式和形态特征上有着明显的差异。（2）在野外资源调查和查阅资料获得的数据基础上,建立了藏东南野生杜鹃花属植物资源的层次分析评价模型,确定了3个层次和11个指标。使用此模型对本次调查到的杜鹃花中选取35种进行评价。按照综合得分的分布范围把35种杜鹃花分为3个层次,山育杜鹃、弯果杜鹃和火红杜鹃等9种杜鹃花被划分到第Ⅰ等级;鳞腺杜鹃、草原杜鹃和圆叶杜鹃等19种被划分到第Ⅱ等级;大白杜鹃、硬毛杜鹃和棕背川滇杜鹃等7种划分被到第Ⅲ等级。在选取的评价因子中,花色所占的权重最大,花期所占权重最小。（3）使用12对SSR标记引物对165份资源进行扩增,共得到274个等位基因。平均每个位点的等位基因数（Na）为22.83个。观测杂合度（Ho）的范围是0.07～0.74,平均值为0.46;期望杂合度（He）的范围是0.48～0.94,平均值为0.84;Shannon’s多样性指数（I）的范围是0.84～3.18,平均值为2.34,表明藏东南杜鹃花属植物整体遗传多样性较高。物种层面上,黄毛雪山杜鹃居群的遗传多样性最高,其次是紫玉盘杜鹃居群和鳞腺杜鹃居群,最低的为棕背川滇杜鹃居群。地域上看,来自错那县的居群遗传多样性指数低于巴宜区和察隅县。杜鹃花属不同野生居群的遗传距离范围为0.226～2.648。其中雪层杜鹃和草原杜鹃之间的遗传距离最小,多裂杜鹃和草原杜鹃之间遗传距离最大。Mantel分析结果表明杜鹃花属不同野生居群体之间的遗传距离和地理距离没有显著相关性（R=0.108）。居群间的遗传分化系数和基因流表示,整体的遗传分化水平较高。AMOVA分析也表明变异主要发生在居群内部,占总变异的76%。另外杜鹃花属植物的基因流为0.666＜1,说明大部分种间基因交流受到限制。群体结构分析和主坐标分析结果显示,所有杜鹃花属植物资源分为常绿杜鹃亚属和杜鹃亚属两个部分,且两部分之间存在着一定的基因交流。聚类结果显示草原杜鹃和雪层杜鹃亲缘关系较近。