烟叶陈化过程中微生物种类繁多,它们在烟叶陈化的不同时期都起着非常重要的作用。一般对烟叶表面微生物的检测方法主要有平板分离法、DGGE、RFLP、克隆文库法等传统研究方法,这些方法都存在数据量的限制,因而不能完全检测出烟叶表面的所有微生物种类。基于高通量测序技术的宏基因组学是一种最新检测环境微生物的方法,它产出数据多,可以更全面检测出环境中的微生物种类,但目前还很少有应用到烟叶表面微生物的研究中。因此,本研究首先比较克隆文库法和高通量测序两种方法在检测陈化烟叶表面微生物结果上的异同,其次运用高通量测序分析烟叶陈化每2个月表面的微生物种类,进一步确定陈化烟叶表面的优势微生物种类及变化规律,主要研究结果如下：1. 高通量测序比克隆文库法产出数据多、数据饱和度高,检测到的微生物种类也比克隆文库法多。虽然两种方法检测到的优势微生物种类基本一致,但高,通量测序可以更全面准确的反映陈化烟叶表面的微生物种类。2.陈化烟叶表面的优势细菌主要是变形菌门中的甲基杆菌属、鞘氨醇单胞菌属、农杆菌属、寡养单胞菌属、假单胞菌属和不动杆菌属,厚壁菌门中芽孢杆菌属和拟杆菌门中的鞘氨醇杆菌属；优势真菌中有大量的序列并没有归并到已知分类的属中,而已分类的主要是子囊菌门中的Meyerozyma属、链格孢属、翘孢霉属、曲霉属、拟青霉属,担子菌门中的红酵母属和锁掷酵母目。3.随陈化时间的延长,烟叶表面的微生物种类无明显变化,各种菌的数量一直处于动态变化中。其中,各种细菌的含量一直在上下波动无明显变化规律。而不同产地烟叶表面真菌变化趋势不完全一致,但总体都是未知真菌数量在减少,担子菌门含量在增加,子囊菌门含量基本不变。