村民自治过程中产生的纠纷在诉诸法院后,法院需要适用《村民委员会组织法》予以裁判。《村民委员会组织法》规定的内容集中于村民自治的制度构成,如何运用于村民自治纠纷的解决和解决村民自治纠纷的成效,成为《村民委员会组织法》司法适用存在的现实疑惑。借助中国裁判文书网,选取近三年内适用《村民委员会组织法》的裁判为样本数据,对其中的具体问题进行探讨,以寻求恰当的解决之道。在行政诉讼中,适用《村民委员会组织法》主要是为了解决村民自治纠纷能否获得实体审理的程序问题、行政主体在村民自治范围内实施的行政行为是否合法的实体问题。在民事诉讼中,适用《村民委员会组织法》解决的程序问题与行政诉讼相同,实体方面主要解决村民自治组织作出的法律行为的效力问题。在解决诉讼问题的实践中,出现了诸多适用问题。在行政诉讼中的适用,没有给法院提供处理村民自治纠纷的准确方式,没能提供司法审查行政行为的明确依据。在民事诉讼中的适用,说明村民自治纠纷不能获得实体审理的理由不够充分,判断村民自治行为和民事法律行为的效力时,存在相反的适用观点。导致司法适用存在诸多问题的原因是《村民委员会组织法》内设的行政救济与司法救济存在冲突,法律条款的约束性与解决纠纷的不专业性之间存在冲突。同时,该法对行政管理职责的规定过于简略,对村委会和乡镇政府的关系规定也不够明确。此外,司法实践中还产生了村民自治条款和村民自治不得违法条款的适用争议,某些法律规定是效力强制性规定还是管理强制性规定的认识争议,以及该法是团体法还是全国人大常委制定法的裁判争议。针对上述问题,在理论上,肯定《村民委员会组织法》司法适用带来的司法救济范围扩大的积极作用,明确法院在适用《村民委员会组织法》解决民事诉讼要件问题时,需要承担额外的说理义务。在立法上,省级人大常委在《村民委员会组织法》授权范围内制定的实施性法规,可增加一些关于行政管理职责的程序性规定,作为上位法司法适用的补充性规定。在司法上,可由高级人民法院针对适用《村民委员会组织法》的争议案件发布示范性案例,作为高院管辖范围内各级人民法院审理类似案件的参照,统一不同审判组织对该法的认识。