自《合作社法（2007）》颁布以来,我国农民专业合作社的数量和规模出现急剧增长,截至2018年9月底,我国依法登记的合作社已经接近213.8万个。伴随着农民专业合作社组织的飞速发展,部分合作社的组织制度和运行制度已经背离了西方经典合作社的基本原则,“变异”成为我国农民专业合作社发展至今的突出特征之一。尽管合作社在发展过程中出现了各种各样的变异,但变异的主要表现形式或多或少折射出合作社的“公司化”趋同现象,即这些变异的合作社在成员组成、服务内容、决策机制、利益分配等方面的实践,一方面偏离了《合作社法（2007）》的相关规定,另一方面则与同类农业公司的做法越来越接近。对于我国农民专业合作社发生变异的原因,已有学者运用产业经济学和制度经济学等理论取得了大量研究成果。从管理学中的制度理论来看,合作社出现“公司化”趋同,昭示着有关合作社的制度正处于变迁之中。但是,却鲜有人从制度理论来阐释这一变迁的产生原因和产生机理,本论文试图在这方面做出有益的探索。为此,本研究试图先识别出影响农民专业合作社的两大制度逻辑。然后,从制度理论视角出发,以两种制度逻辑为前因变量,以三大制度矛盾（分别是制度不兼容、制度非效率和利益错位）为中介变量,以合作社的“公司化”趋同为结果变量,构建起合作社“公司化”趋同的形成模型。接下来,,运用解释性案例研究方法对上述模型进行验证。最后,我们将基于验证后的理论模型,向政府管理部门和合作社的管理层提出相关建议。