近期流行病学调查表明德尔卑沙门菌已成为严重威胁食品安全和人类健康的沙门菌血清型之一。根据多位点序列分型（MLST）方法可以将德尔卑沙门菌分为26种ST型,我国分离率最高的ST型是ST40和ST71。以往研究表明,ST40型德尔卑沙门菌是一种广宿主沙门菌,而禽源样品是ST71型菌株的主要分离来源。对本实验室2009-2016年间收集的德尔卑沙门菌菌株群体进行分析后发现,ST40型德尔卑沙门菌菌株分离自多种宿主,但ST71型菌株均分离自猪源样品,却未在禽源样品中分离获得ST71型菌株,这说明ST71型德尔卑沙门菌群体可能存在宿主适应性差异。为了鉴定与ST71型德尔卑沙门菌宿主适应性相关的基因组序列区段,并揭示其进化基础,本研究在实验室收集的ST71型德尔卑沙门菌群体挑选了 15株代表菌株进行了全基因组测序,并与NCBI Refseq数据库中的65个ST71型德尔卑沙门菌菌株（1个猪源相关、64个禽源相关菌株）进行了比较基因组分析。结果显示,猪源相关（16）和禽源相关（64）菌株群体所含的沙门菌毒力岛（SPI）和毒力因子（VF）编码基因没有明显差异,而两个菌株群体间的基因组序列长度及其所含基因数量则均存在显著差异,猪源相关菌株群体的基因组序列长度更长,所含基因数量更多（p值均小于0.05）。比较基因组分析发现ST71型德尔卑沙门菌群体的泛基因组呈开放状态,并发现和禽源相关菌株群体相比,猪源相关菌株群体在进化过程中经历了更多的基因获得事件。本研究在受基因获得事件显著影响的基因集合中鉴定到多个原噬菌体相关基因,进一步鉴定了菌株中的原噬菌体序列,并发现猪源相关菌株携带的原噬菌体数量（平均5个）显著高于禽源相关菌株群体（平均2个）（p＜0.05）;而将原噬菌体序列去除后,两个菌株群体间的基因组序列长度、GC含量及基因数量间的差异均不再显著,说明原噬菌体是导致两个菌株群体基因组差异的一个重要原因。对猪源菌株群体中特有的原噬菌体序列集合进行分析,并从这些原噬菌体中鉴定到多个与细菌宿主适应相关基因;进一步从中挑选一个代表性基因dam,构建了该基因的缺失突变株,并发现原噬菌体携带的dam基因对ST71型德尔卑沙门菌黏附猪回肠上皮细胞有显著促进作用。这些结果说明原噬菌体是介导ST71型德尔卑沙门菌群体分化的一个重要驱动力。为了进一步揭示原噬菌体在沙门菌进化和群体分化中的作用,选取了 4,272个高质量的沙门菌基因组,并将这些基因组按血清型、分离时间、宿主来源和地理起源进行分类,结果显示不同血清型、地理起源和宿主来源的沙门菌群体中每个菌株所含的原噬菌体数量均呈现较大差异,而血清型和地理起源对沙门菌所含原噬菌体的序列内容有显著影响。另外,我们还在原噬菌体中预测到多个毒力因子编码基因和抗生素抗性基因,表明原噬菌体对沙门菌宿主适应有积极贡献。本研究通过生物信息学分析揭示了原噬菌体是沙门菌进化的一个重要驱动力,为深入了解沙门菌的进化规律及致病机理提供理论依据。