2018年,国税地税征管体制实施改革,税务稽查改革除了国税地税稽查机构合并以外,改革的重点是取消县级稽查局,将稽查职能上收市级稽查局,实行市级跨区域一级稽查模式。跨区域稽查局的设立,增强税务稽查的执法独立,打破行政区域的限制,实现稽查资源集约化管理。但是,跨区域稽查局运行三年多来,暴露出的问题严重制约了稽查职能的发挥。本文主要针对稽查机构在新时代背景下及国税地税征管体制改革下呈现的新形式新变化,以大理州为例,从微观角度把新公共管理理论、扁平化管理理论、整体性治理理论等公共管理理论运用到研究中,运用文献研究、问卷调查、案例分析等方法,分析研究了跨区域稽查局管理模式存在的问题:一是机构设置的科学性仍需提升、二是稽查四环节运行机制仍需完善、三是人员配置的合理性仍需提升、四是部门间协同性仍需提升,并借鉴省内外跨区域稽查管理模式的优秀经验,提出优化大理州税务局跨区域稽查管理模式的四条建议:一是完善稽查内部组织体系,二是优化稽查内部流程,三是增强稽查队伍建设,四是完善内外部联动机制。本研究立足基层实际,坚持实事求是、客观公正的分析研究,坚持做到发现问题精准、剖析成因深刻、优化建议实用,在一定程度上能丰富跨区域稽查管理模式的理论研究,为决策者提供参考依据。