【摘 要】
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基因组时代所关注的主要问题之一是基因功能的研究.然而,高质量的cDNA序列是进行基因功能研究的基础.近年来,大量实验室获得了较多的cDNA序列和EST序列.但是,由于这些EST序列
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基因组时代所关注的主要问题之一是基因功能的研究.然而,高质量的cDNA序列是进行基因功能研究的基础.近年来,大量实验室获得了较多的cDNA序列和EST序列.但是,由于这些EST序列的质量通常较低,例如含有载体序列、含有非标准碱基,甚至由于实验原因导致不同基因片段形成嵌合体等,导致基于EST序列的cDNA序列拼接存在较多的问题.甚至已有数据库中的cDNA序列也存在质量较差的情况,尤其是开放阅读框架错位等.因此急需一套优化的方案解决该问题,针对此问题,我们提出一套利用测序质量较高的基因组序列进行参考分析的解决方案,并通过对UniGene数据库中的部分数据进行测试,确认了该方案的有效性,为构建高质量全长cDNA序列数据库以及进一步研究真核基因的可变剪接形式奠定了重要基础.具体而言,基于Linux操作系统,采用改进Blast算法将EST序列和基因组DNA序列进行比对,用基因组DNA序列修饰EST序列,随后利用Phrap软件实现EST序列的装配,形成高质量cDNA数据库.由此可为后序可变剪接的研究提供高质量的数据源.
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