【摘 要】
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研究背景:肾透明细胞癌(ccRCC)是一种高侵袭性肿瘤。长链非编码RNA(LncRNA)与肿瘤调控机制密切相关,可通过多种途径影响肿瘤内环境。前期研究发现LINC00887在ccRCC中高表达,并与CD8+T细胞浸润负相关,但其与RCC恶性进展的关系和具体机制未知。研究目的:明确LINC00887与ccRCC恶性进展的关系,探讨并验证其影响ccRCC恶性进展的调控机制。研究方法:1.运用生信分析,
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研究背景:肾透明细胞癌(ccRCC)是一种高侵袭性肿瘤。长链非编码RNA(LncRNA)与肿瘤调控机制密切相关,可通过多种途径影响肿瘤内环境。前期研究发现LINC00887在ccRCC中高表达,并与CD8+T细胞浸润负相关,但其与RCC恶性进展的关系和具体机制未知。研究目的:明确LINC00887与ccRCC恶性进展的关系,探讨并验证其影响ccRCC恶性进展的调控机制。研究方法:1.运用生信分析,从TCGA数据库收集ccRCC数据,利用LncATLAS预测LINC00887亚细胞定位,利用LncMAP,按“LncRNA-转录因子(TF)-Gene”三联体模型预测其下游TF。将结果与上调基因交集并经Pearson相关分析,选取最显著正相关转录因子SPI1。利用RPISeq评估互作可能性。同法确定下游靶基因CD70。用JASPAR预测CD70启动子区与SPI1的结合位点。2.选取3种肾癌细胞系和正常肾小管细胞系作为对照。用qRT-PCR、FISH确定LINC0087在胞内表达及定位。选取高表达细胞构建sh-LINC00887,利用CCK8、Transwell、肿瘤细胞成球试验、裸鼠成瘤实验等体内外方法确定其对细胞增殖、迁移、干细胞性等生物学行为的影响。3.用RIP实验验证LINC00887与SPI1的结合关系。通过ChIP和Dual-Luciferase验证SPI1与CD70启动子区的结合关系。构建LINC00887沉默SPI1过表达细胞系(sh-LINC00887+oe-SPI1)。结合功能拯救实验验证LINC00887招募SPI1靶向调控CD70表达的机制。4.为研究LINC00887对T细胞趋化能力的调节,用已建立的2个细胞系和对照组分别与活化的CD4+T细胞或CD8+T细胞共培养。ELISA检测上清液中趋化因子CXCL9、CXCLI0、CXCL11的表达差异。用T细胞趋化实验比较各组对T细胞趋化性的影响。研究结果:1.生信分析中,预测LINC00887下游TF得到3个结果,相关分析表明SPI1与LINC00887呈强正相关。RPISeq数据库评分:RF=0.9,SVM=0.83,表明二者互作可能性很高。同法确定SPI1的下游基因为CD70。JASPAR查询发现CD70启动子区上游2000bp位点处与SPI1存在两个潜在的结合位点。2.功能实验中,LINC00887在A498、Caki-1和786-O细胞中显著高表达。sh-LINC00887转染A498细胞后,LINC00887表达明显减弱;细胞活力被抑制,迁移和侵袭力下降。qRT-PCR和WB检测显示干细胞标志物(NANOG、OCT4、SOX2、CD133、CD44、ALDH1)的mRNA和蛋白水平降低;肿瘤细胞成球实验表明肿瘤细胞球的形成被大幅抑制。以上所有实验组和对照组之间比较,差异均具有统计学意义。3.裸鼠成瘤实验中,将转染sh-LINC00887的A498细胞注入小鼠皮下,小鼠肿瘤生长速率明显低于对照组,IHC分析显示Ki67、CD133、SOX2表达降低。表明LINC00887沉默显著抑制RCC肿瘤生长和细胞干性。4.生信结果验证及调控机制实验中,核浆分离及FISH检测证实LINC00887主要在细胞核表达。RIP实验显示SPI1存在时LINC00887富集明显增加,说明LINC00887可招募SPI1。ChIP实验进一步发现SPI1存在时CD70富集显著增加。Dual-Luciferase实验提示SPI1可直接与CD70结合。sh-LINC00887和野生型CD70-WT共转染后酶强度明显降低,但对位点突变的CD70-MUT无影响,说明LINC00887 可招募 SPI1 从而调控下游 CD70。qRT-PCR 和 WB 发现 sh-LINC00887组CD70表达明显降低,而sh-LINC00887+oe-SPI1组CD70表达恢复,说明LINC00887可招募SPI1在RCC细胞中激活CD70转录和表达。5.功能拯救实验中,过表达SPI1可以逆转LINC00887沉默对RCC细胞活力、迁移、侵袭和干细胞性的抑制。说明LINC00887沉默可调控SPI1抑制RCC细胞生长和干性。6.T细胞趋化实验中,ELISA检测发现sh-LINC00887组中趋化因子CXCL9、CXCL10、CXCL11上调,CD4+和CD8+T细胞趋化能力明显增强;而sh-LINC00887+oe-SPI1组能逆转趋化因子的上调和T细胞趋化性的增强,说明LINC00887沉默可调控SPI1促进肿瘤微环境中趋化因子的产生和T细胞趋化。研究结论:1.LINC00887通过招募SPI1激活CD70来促进ccRCC的恶性进展并抑制T细胞趋化。2.LINC00887-SPI1-CD70调控轴有可能成为治疗ccRCC的潜在靶点。
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