伪狂犬病毒(PRV)及牛疱疹病毒5型(BHV-5)属于α疱疹病毒亚科成员,分别引起猪的Aujeszky病及犊牛的脑膜脑炎,给畜牧业造成巨大的经济损失。病毒编码的niRNA在疱疹病毒的生活史及病原宿主互作中起到非常重要的调控作用,而目前对于PRV及BHV-5所编码的miRNA研究甚少。本研究旨在鉴定两种病毒的miRNA表达谱,并对它们在各自潜伏感染及病原宿主互作中可能的功能进行探讨。将PRV及BHV-5分别接种猪肾传代细胞系(PK-15)及牛肾传代细胞系(MDBK),在不同时间点收毒并提取总RNA。采用solexa测序技术,northern blot和stem-loop RT-PCR鉴定两种病毒的miRNA表达谱。利用生物信息学方法,分析病毒miRNA针对自身及宿主靶基因的调控网络以及病毒感染对宿主miRNA表达谱的影响。高通量测序结果显示PRV的LLT基因中约4.6kb的内含子作为一个初级pri-miRNA,是一个能够编码11个不同miRNA的miRNA簇。其中7个为新鉴定的PRV所编码的miRNA.通过stem-loop RT-PCR和northern blot对它们进行了进一步鉴定。在感染PRV后的PK-15中检测到209个已知的和39个新的猪源miRNA。所有病毒miRNA在其5’及3’末端都展现出末端变化性,在7个病毒pre-miRNA的两个臂端都检测到成熟的miRNA,两个病毒pre-miRNA部分重叠。此外,一个来自于末端茎环处且高丰度表达的sRNA以及一个组织特异性表达的moRNA来自同一个病毒pre-miRNA (prv-miR-8)。靶基因分析结果揭示病毒miRNA能够调控众多自身及宿主的靶基因而形成复杂的调控网络。对宿主靶基因的GO富集分析表明PRV编码的miRNA能调控复杂的胞内通路,例如细胞死亡、免疫系统进程和代谢通路。研究结果证实在BHV-5基因组上的17个位点编码11个不同的miRNA,能产生16个成熟的miRNA及miRNA*。与BHV-1编码的miRNA相比,两者都有数个miRNA分别分布在UL区和重复区,但仅有一个序列保守的miRNA。在BHV-5感染前后的MDBK细胞中,分别鉴定出285个和339个已知的牛源miRNA；此外分别鉴定出336个和327个新的牛源miRNA. BHV-5感染能显著改变宿主细胞miRNA表达谱,在有表达差异的137个牛源niRNA中有31个显著下调,44个显著上调。靶标分析及GO分析显示这些差异表达的miRNA通过调控各种靶基因而牵涉到各种细胞进程。BHV-5的miRNA不仅能靶定包括bICPO及bICP22在内的44个自身靶基因,还能调控上千个宿主靶基因。本研究鉴定了PRV及BHV-5在上皮细胞中的miRNA表达谱。同时也分析了宿主细胞在感染病毒后的miRNA表达差异。此外还详尽地分析了病毒miRNA对于自身及宿主的调控网络。上述研究成果是病毒miRNA功能研究的基础,为进一步深入研究α疱疹病毒的噬神经性,潜伏感染性及免疫逃避等奠定了基础。