腹泻是威胁养猪业发展的重要因素之一,甚至可以引起新生仔猪的大量死亡。猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒是引起猪腹泻的主要致病原,国内研究报道较多,而猪圆环病毒（Porcine circovirus）、猪捷申病毒（Porcine teschovirus）以及人畜共患的肠道原虫隐孢子虫（Cryptosporidium spp.）、毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）、蓝氏贾第虫（Giardia lamblia）和芽囊原虫（Blastocystis）也是引起猪发生腹泻的重要病原,猪群感染这些病原后会严重影响猪的正常生长,表现出不同程度的腹泻症状,严重者可导致死亡,对养猪业发展以及人类公共卫生有着严重的负面影响。但是,目前关于这几种病原在云南省地区猪群中的感染率、虫种或基因型的分布的报道还较少,因此为评估能导致猪群发生腹泻疾病的这些病原在云南省部分地区养猪场的生物安全风险及流行情况,本项目对云南省地区猪圆环病毒和捷申病毒进行了血清学和组织病原学检测,对人畜共患肠道寄生原虫（隐孢子虫、毕氏肠微孢子虫、蓝氏贾第虫和芽囊原虫）进行了分子流行病学调查研究。目的:本研究通过对云南省玉溪市9个县（区）的68个猪场的猪血清样本以及云南省11个州市的猪群粪便样本分别进行血清学检测和分子生物学检测,来分析云南省部分地区能导致猪群腹泻的这6种病原的流行情况和病原的种类及基因型的分布,有助于我们了解其传播途径,查寻污染源,控制疾病暴发,从而对引起猪群腹泻的这些疾病进行有效防控。方法:本研究采用酶联免疫吸附试验（ELISA）对云南省玉溪市地区的猪血清样本进行猪圆环病毒2型（PCV2）和捷申病毒（PTV）的检测,通过统计学分析确定其感染率,分析感染率的风险因素,在分析单因素条件下,计算比值比OR（odds ratio）及其置信区间95%CI（confidence interval）;利用PCR结合测序的方法,鉴定病毒。本研究采用PCR扩增结合测序的方法,对云南省11个州市的猪粪便样本进行隐孢子虫、毕氏肠微孢子虫、蓝氏贾第虫和芽囊原虫的检测,通过扩增18S r RNA基因鉴定隐孢子虫;通过扩增ITS基因鉴定毕氏肠微孢子虫;通过扩增tpi基因鉴定贾第虫;通过扩增SSU r RNA基因鉴定芽囊原虫;通过统计学分析确定其感染率,分析其风险因素,通过序列比对鉴定其虫种及基因型,构建进化树分析其遗传进化关系。结果:（一）云南省玉溪市9个县（区）的49个猪场（未免疫商品化猪圆环病毒2型疫苗）的561份猪血清圆环病毒抗体总阳性率为27.45%（154/561;95%CI:23.76-31.14）,通过统计学分析结果发现,年龄因素为影响猪感染猪圆环病毒感染率的风险因素;19个已免疫商品化PCV2疫苗的养猪场的220份猪血清圆环病毒抗体总阳性率为71.82%（158/220;95%CI:65.88-77.76）,通过统计学分析结果发现年龄因素是影响猪感染猪圆环病毒感染率的风险因素;对云南省玉溪市的9个县（区）的部分养殖场（未免疫PCV2疫苗）的具有疑似猪圆环病毒病临床症状的142份病料进行PCV2特异性基因PCR扩增,猪圆环病毒总体阳性率为32.39%（46/142;95%CI:24.69-40.09）。（二）对云南省玉溪市的3个县（区）的455份猪血清样品进行猪捷申病毒ELISA检测,总阳性率为82.42%（95%CI:78.92-85.92）,通过统计学分析发现地理因素是影响猪感染捷申病毒感染率的风险因素。另外对采自云南省玉溪市的疑似捷申病毒（PTV）感染症状的8份猪病料采用套式RT-PCR方法检测猪捷申病毒,通过序列比对发现,其基因序列与Gen Bank收录的猪捷申病毒基因序列的同源性为90%～99%,证实了所检猪病料中存在PTV感染,这也是首次在云南省的猪群中检测出猪捷申病毒（PTV）。（三）本研究对云南省11个州市猪场采集的994份猪新鲜粪便进行隐孢子虫检测,感染率为2.82%（28/994;95%CI:1.79-3.85）,通过统计学分析发现,地区和年龄因素是影响猪隐孢子虫感染率的风险因素;通过基因序列比对及构建进化树分析,结果表明所鉴定的隐孢子虫为C.scrofarum（原猪基因II型）和C.suis（猪隐孢子虫）,均为人畜共患虫种。（四）本研究对云南省11个州市猪场采集的994份猪新鲜粪便进行了毕氏肠微孢子虫的检测,其感染率为15.80%（157/994;95%CI:13.53-18.06）,通过统计学分析发现地区和年龄因素为影响猪毕氏肠微孢子虫感染率的风险因素;通过序列比对分析发现,此次共检出鉴定出12种基因型,包括6种已知基因型（CHC5,CHG19,Ebp D,Ebp A,Ebp C和CHS12）和6种新的基因型（YNZ1,YNZ2,YNZ3,YNZ4,YNZ5和YNZ6）,12种基因型均归属于人兽共患种群Group 1。（五）本研究对云南省11个州市猪场采集的994份猪新鲜粪检测蓝氏贾第虫,其感染率为0.30%（3/994;95%CI:0.00-0.64）,通过统计学分析没有发现影响猪感染贾第虫感染率的风险因素;所检出的蓝氏贾第虫均归属于人兽共患病的集聚体B基因型。（六）对云南省11个州市猪场采集的994份猪新鲜粪便检测芽囊原虫,总感染率为57.34%（570/994:95%CI:54.27-60.42）,通过统计学分析发现,地区和年龄因素为影响猪芽囊原虫感染的风险因素;所检出的芽囊原虫均属于人畜共患的ST5基因亚型。结论:云南省玉溪市的猪群的猪圆环病毒和捷申病毒的抗体阳性率均较高,应加强对这两种病毒的防控。年龄和地区因素与这两种病毒的感染率显著相关,应针对不同的年龄和地区的猪来制定相应的防治策略。通过对病原的分子检测,我们确认所调查的地区的猪群感染的是PCV2和PTV,这也是首次在云南地区的猪群中发现PTV。通过分子生物学方法对云南省11个州市的猪群进行四种腹泻相关的肠道原虫的检测,发现该地区的猪群普遍感染这四种肠道原虫,地区和年龄是影响这四种原虫感染率的主要风险因素,提示我们要做好相应的预防措施。通过基因序列比对发现,所鉴定到的虫种或基因型均有人兽共患的风险,提示我们要加强对猪场环境的控制,避免因为粪便造成人群感染。本论文对云南省部分地区可引起猪腹泻的圆环病毒病和捷申病毒病以及隐孢子虫病、毕氏肠微孢子虫病、蓝氏贾第虫病和芽囊原虫病进行了分子流行病学调查研究,并对这些病原感染进行了风险因素评估,为有效防控云南省猪的这些腹泻疾病提供了基础资料。