儿童囊肿性肾病的遗传变异研究

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目的囊肿性肾病是导致儿童终末期肾病的主要原因,明确其遗传病因及基因型-表型关系对早期精准诊疗和预测病情进展有重要临床意义。尽管基因检测技术发展迅速,但仍有一部分不确定意义的变异体和未知致病基因有待挖掘。本研究基于多中心儿童囊肿性肾病队列行47例散发囊性肾病儿童的囊性肾病相关性基因变异的致病性研究,包括致病基因和候选突变的筛选、体内外功能实验和表型-临床型相关分析,为临床诊断、基因治疗和机制研究提供参考。方法根据纳入和排除标准,基于47例临床诊断囊性肾病患者进行二代测序及数据分析、评估、筛选候选致病基因并进行Sanger测序验证,通过基因型-表型分析研究囊性肾病相关基因变异与临床表型的关联性,应用minigene实验技术研究NPHP3 c.G2088+5A 和 c.C2154T(p.F718F)对 NPHP3 基因 mRNA 剪接的影响,应用RT-PCR/qPCR、免疫荧光、蛋白质免疫印迹技术研究ITGA3c.A2219+4C对ITGA3基因mRNA和Integrinα3蛋白表达的影响。结果1.本研究纳入40个家系47例囊性肾病患者,男性25例,女性22例,53%存在肾外表现,包括肝胆系统异常、眼部异常、心脏发育异常、甲状腺异常、神经系统症状、睾丸发育不良等。大多数就诊时出现慢性肾脏病表现。通过基因检测鉴定25例肾单位肾痨(13例NPHP1,9例为NPHP3,1例NPHP4,1例 NPHP5,1例 NPHP12),PKD1 和 PKHD1 突变各 1 例。ITGA3、SALL1、PAX2、ACE、SGPL1、COQ8B、COL4A3基因变异也被检出并对疾病重新分类。12例未找到明确致病基因。2.通过体内外实验鉴定1个婴儿型肾单位肾痨家系NPHP3复合杂合突变(c.G2088+5A/c.C 2154T(p.F718F)引起mRNA异常剪接,导致14、15号外显子跳跃,产生移码突变和提前出现终止密码子,可能导致无义突变介导的mRNA降解或产生截短蛋白,从而影响NPHP3正常表达和功能,并导致疾病相关的临床表现。3.鉴定了 1例表型完全但进展缓慢的ILNEB综合征新的纯合子有害剪接突变ITGA3 c.A2219+4C,该突变导致17号外显子跳跃引起移码突变造成蛋白翻译提前终止。患者ITGA3 mRNA水平低于正常对照,尿上皮细胞和皮肤中未检测到Integrin α3蛋白表达。结论1.囊性肾病临床和遗传异质性高,肾单位肾痨是儿童最常见的导致终末期肾病的遗传性囊性肾病,NPHP1、NPHP3是最常见的突变,NPHP1点突变也是我国Ⅰ型肾单位肾痨患者的重要突变形式。2.NPHP3内含子剪接突变c.G2088+5A和外显子同义突变c.C2154T构成的复合杂合突变是本队列疑诊婴儿型NPHP家系的致病变异;若临床确诊而未找到致病变异的情况下,重新评估罕见同义突变位点的致病性是必要的;剪接效应的剂量在NPHP发病和表型中起作用。3.ITGA3纯合剪接突变c.A2219+4C导致的ITGA3功能缺失是ILNEB患者的致病原因;本病例表型完全与Integrin α3完全缺失有关,同时检测出PKD1、LAMB2、MKS1单杂合变异,这些作为修饰基因的上位效应(epistatic effect)可能可解释其病情进展较缓慢。
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