应急管理能力是政府执政能力的一个重要方面。进入21世纪,突发公共卫生事件时有发生,给国家经济、社会发展和人民正常生活带来严重危害。如何有效应对处理突发公共卫生事件,是对新形势下我国政府应急管理能力的严峻考验。从2013年至今,南京市共报告40余起突发公共卫生事件,均得到有效处置,特别是2020年新冠疫情爆发,南京市取得了不俗的疫情防控成绩,但也存在一些问题。如何有效解决这些问题,正是本文研究的旨趣所在。本研究采取个案研究法、问卷调查法、数据分析法等研究方法,以南京市突发公共卫生事件应对为研究对象,以本次新冠疫情防控为个案,采取向市、区两级疾病预防控制机构发放调查问卷等方法。通过前期了解和汇总数据进行分析,描述南京市应对突发公共卫生事件及本次新冠疫情的做法,指出在应对过程中还存在的问题,包括公共卫生重视程度不够、公共卫生机构功能定位不清、联防联控尚未实现常态化、卫生应急物资保障不足、人才队伍流失、公共卫生法制不健全、信息化不完善等。通过分析导致问题的原因,再结合国内外应对突发公共卫生事件的先进经验,继而提出提升突发公共卫生事件应对能力的思路和对策:构建医防协同建设新模式、强化卫生健康系统内部协同治理,明确和完善公共卫生机构职责、完善体制机制,完善突发公共卫生事件联防联控机制、强化行政部门间外部协同,优化支撑保障手段、加强专业队伍建设,完善公共卫生法律法规、推进信息化建设等,以期为提升各级政府突发公共卫生事件应急管理能力作出有益探索。