当前国际疫情和世界经济形势严峻复杂,疫情传播和经济社会联系都呈现彼此影响、相互制约的网络化关系。基于此背景,本文基于城市网络理论、网络嵌入性理论、系统论三大理论提出三个研究假设,通过构建“政府合作-交通联系-人口流动”框架,解构粤港澳大湾区多层嵌入网络空间结构特征,分析各市在大湾区协同发展过程中的角色和定位,探索促进区域协同发展新视角。研究发现:首先,政府合作网络呈均衡发展态势,“广佛肇”“深莞惠”一体化效应凸显;交通联系网络呈多中心联动发展态势;人口流动网络形成稳定“核心-半边缘-边缘”结构。其次,网络结构异质性研究发现,整体上呈人口流动网络最先发展并达到饱和状态、政府合作网络紧随其后联系相对紧密、交通关联网络发展相对滞后的差异化格局,局部网络上仅深圳-东莞在三级子群层面均处同一子群,其他城市在不同网络子群上均存在不同程度的超前或滞后,各城市节点在不同层级个体网上表现各不相同。再次,多层嵌入网络耦合协调度呈上升趋势但空间差异较大,大多城市是初级耦合协调状态,高铁网络建设基本迎合了政府合作和人口流动需求,发挥了促进整体协同效应。最后,多层嵌入网络协同发展演化过程呈渐进式且具自稳定性,受地区经济状况、社会发展水平、产业结构均衡与发达程度、内生发展能力、政府规模、高铁发展潜力等复合因素影响。因此,需进一步提高政府合作网络和交通联系网络发展水平以满足劳动力等经济要素资源在区域内的流动需求;突破行政壁垒建立共商共议共建共享机制,加强子群经济圈内部协调;精准把握城市在多层网络中的发展定位,因地制宜,对城市协调发展进行短中长期规划。