草鱼（Ctenopharyngodonidellus）是我国特有的大型鲤科经济鱼类，自然分布于我国南北水域。上世纪60年代以来，草鱼被移植至亚、欧、美、非洲的许多国家，用于控制水草或发展水产养殖，并在当地形成了新的地方群体，移居美、欧的群体实际上是处于某种保护之下。而土著草鱼群体受生态环境破坏、过度捕捞等影响，导致三江中黑龙江草鱼（1990年）和最大的天然繁育场所长江流域草鱼（2008年）已不能形成产量，必将对其遗传资源产生严重影响。为了更好地保护和利用草鱼种质资源，实现渔业的可持续发展，全面了解草鱼群体遗传资源状况意义尤为重要。本论文采用AFLP、mtDNA序列技术分别研究了草鱼中国土著群体和国外移居群体、长江上中下游群体的遗传结构和群体历史，以期为草鱼天然群体的遗传保护积累丰富可靠的本底资料。 1.草鱼中国土著群体与欧美日移居群体遗传结构的AFLP分析： 以草鱼中国土著群体：长江（邗江HJ、石首SS和宜宾YB）群体、珠江群体（ZJ）、黑龙江群体（HLJ）和国外移居群体：匈牙利多瑙河群体（DU）、美国密西西比河群体（MSB）、日本利根川河群体（TONG）共8个群体为研究对象，采用AFLP技术研究了不同群体的遗传结构特征。6对引物共检测到487个扩增条带，其中多态条带为182，平均多态位点比例为37.37％。群体内的多态位点比例16.73～37.55％，基因多样性在0.0626～0.1485之间，Shannon多样性指数分布在0.0925～0.2170之间。结果表明：（1）草鱼中国土著群体遗传多样性大于欧美日移居群体；中国土著群体：长江（邗江HJ、石首SS和宜宾YB）群体、珠江群体（ZJ）、黑龙江群体（HLJ）中，长江群体遗传多样性最高，珠江群体遗传多样性最低；（2）中国土著群体与移居群体间遗传距离分析：长江群体与美国群体遗传距离最大，珠江群体与匈牙利群体遗传距离最小；中国土著群体内比较，黑龙江的遗传距离与长江群体遗传距离最大，而黑龙江群体与珠江群体遗传距离最小；（3）中国土著群体与移居群体间的分子方差分析（AMOVA）表明：群体间的遗传分化指数（Fst）达到0.0949（P<0.001），群体间存在极显著差异；中国土著群体内的分子方差分析（AMOVA）表明：群体间的遗传分化指数（Fst）达到0.11547（P<0.001），群体间存在极显著差异；（4）群体间遗传距离和群体聚类关系，日本群体最可能来自黑龙江流域；匈牙利群体最可能来自长江，而美国群体来源还有待于进一步的研究。 2.长江干流草鱼群体遗传结构与群体历史： 以长江上游宜宾（YB）、巴南（BN）、云阳（YY）、中游石首（SS）、瑞昌（RC）以及下游邗江（HD6个江段草鱼群体为研究对象，对mtDNAND5、ND6、Cytb和D-loop四个基因全序列分析。结果表明，在长度4428bp同源序列中，60个样品中共检测到19种单倍型，长江干流草鱼群体的核苷酸多样度为0.00023-0.00204，单倍型多样度为0.60000-0.93333，遗传多样性较低：不同江段长江草鱼群体基因型分布没有地域性，分子方差分析（AMOVA）表明长江上、中、下游群体间的遗传分化指数为Fst=0.02017（P>0.05），未达到显著分化；单倍型NJ和UPGMA系统树表明长江草鱼可能存在A、B两大谱系，推测两个谱系的分化发生约在201800～60500年前更新世末期；中性检验和网络亲缘关系支持谱系A。研究结果进一步表明，长江干流草鱼同属一个种群，群体大而遗传多样性贫乏可能与历史上发生遗传瓶颈有关，长江干流通畅、基因交流频繁致使群体遗传分化低。