基于铁死亡相关基因的肾透明细胞癌预后模型构建与临床价值研究

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目的:肾透明细胞癌(Kidney Renal Clear Cell Carcinoma,KIRC)是一种常见的泌尿系统恶性肿瘤,晚期肿瘤致死率高,严重影响患者的生存时间和生活质量。目前,KIRC的诊断和诊疗已取得了重大突破,但KIRC患者的预后仍不理想。铁死亡是近年发现的一种新的细胞死亡方式。随着临床及基础研究的开展,铁死亡在不同癌症治疗中的作用和分子机制被不断揭示。铁死亡相关基因的表达情况与肾透明细胞癌治疗预后有关,研究探索肾透明细胞癌铁死亡基因的表达情况对肾透明细胞癌预后综合评估有重要作用,有助于针对性的开展个体化治疗。本研究拟通过生物信息学分析技术探索铁死亡相关的基因在肾透明细胞癌中的表达,并建立模型、验证该模型对肾透明细胞癌预后的指导价值。为后续进一步探索铁死亡在肾透明细胞癌治疗中的潜在价值奠定基础。方法:从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获得基因表达数据和相应的临床结果,并从FerrDb数据库中获得与铁死亡相关的基因集。通过RStudio中的R软件包“limma”检测肿瘤和相邻正常组织之间的差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs)。应用R软件包“pheatmap”制作热图将数据集中的差异程度范围可视化。通过对铁死亡基因和DEGs之间做韦恩图,可以获取与铁死亡相关的差异基因。基于这些与铁死亡相关的差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),应用“clusterProfiler”软件包进行GO和KEGG分析。通过单、多因素Cox回归和LASSO-Cox回归模型,建立了铁死亡相关预后模型。探索研究了铁死亡相关预后模型与临床病理因素(包括T分期、N分期、M分期、组织学分级、性别和年龄)之间的相关性。利用“immunedeconv”R软件包中的xCell算法,分析了铁死亡相关预后模型与机体免疫细胞、免疫检查点(immune checkpoint)和免疫评分之间的关系。接着,我们对肿瘤突变负荷(tumor mutationburden,TMB)与铁死亡相关预后模型进行了 Spearman相关分析。最后,我们还探讨了 PROM2和MT1G表达水平与其甲基化状态的相关性。结果:我们从GSE105261中获得496个失调基因,194个基因显示上调,302个基因显示下调。我们从FerrDb的数据库中找到了 149个铁死亡基因。维恩图显示,在2个数据集之间有9个与铁死亡相关的基因交叉,分别为HILPDA、SCD、ACSF2、CA9、PROM2、MUC1、CAV1、ATF3 和 MT1G。GO 和 KEGG 的分析中,发现 9 个共表达基因的功能主要集中在免疫反应上。在Cox回归分析的基础上,建立了基于铁死亡相关基因的预测模型,PROM2和MT1G是具有预测价值的基因。通过TCGA-KIRC数据库,我们发现肿瘤组织中的PROM2和MT1G下调。Kaplan-Meier模型分析表明,PROM2和MT1G的高表达与预后不良相关。曲线下面积(AUC)分别为0.6(1 年 OS)、0.611(3 年 OS)和 0.632(5 年 OS)。我们发现,PROM2 和 MT1G 与多种临床病理因素存在统计学相关性。预后模型与Treg细胞(p=0.001)和非表征细胞(p=1.17*e-09)的表达呈正相关。同时,预后模型与中性粒细胞(p=7*e-17)、NK细胞(p=0.006)、CD4+(非调节性)(p=2*e-04)的表达呈负相关。TMB评分与PROM2(p=0.035)的表达负相关,而与MT1G(p=0.033)的表达正相关。最后,整合铁死亡基因和年龄、性别、肿瘤分级、TNM分期等临床指标,构建风险列线图,以预测患者总生存率。结论:本研究开发了一个基于铁死亡相关基因的预后模型,为预测KIRC预后提供了帮助,并发现了铁死亡相关基因表达情况与免疫微环境相关,对肾癌免疫治疗预后有指导作用。
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